jpredictor. uma ferramenta gratuita e versátil para a previsão de elementos regulatórios CIS
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jpredictor. Descrição

Uma ferramenta gratuita e versátil para a previsão de elementos regulatórios CIS O jpredictor é usado para definir motivos, pesquisando-os em sequências, motivos de ponderação usando conjuntos de treinamento e sequências de pontuação usando os fragmentos de seqüência de motivos ponderados. São que sejam enriquecidos e agrupados em tais elementos. Esses locais de ligação são representados como motivos e para a previsão, eles devem ser conhecidos. Usando esses motivos, é possível empurrá-los aplicando um conjunto de treinamento positivo ou negativo (modelo ou plano de fundo, respectivamente), para pesquisá-los em sequências e marcar uma seqüência.Gene regulamentação é o processo através do qual um organismo efetua espacial e diferenças temporais nos níveis de expressão gênica. Conhecimento dos elementos cis-regulamentares como os principais intervenientes no regulamento genético é indispensável para a compreensão deste último e do desenvolvimento de organismos. A previsão é baseada em clusters de motivos individuais e combinações arbitrárias destes em vários motivos com distâncias mínimas e máximas selecionáveis. Os motivos individuais podem ser de classes heterogêneas, como motivos de seqüência simples ou matrizes de pontuação específicas de posição. As pontuações do cluster são ocorrências ponderadas de multi-motivos, onde os pesos são derivados de conjuntos de treinamento positivos e negativos. Requisitos: · Java 1.5 ou mais tarde O que há de novo nesta versão: · Adicionado o novo parâmetro 'SearchDirection' para multimotifs definido através de arquivos de opção · Corrigido um erro com motivos planos de ordem tripla e superior relatando a poucos hits; Este erro ocorreu raramente, mas regulação e não ocorreu para o DoubleMotifs ou motivos compostos não planos consercenses de motivos duplos, como (pHO-DSP1) - (PHO-DSP1)

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