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jmotu. Classificação e resumo
Propaganda
- Licença:
- Freeware
- Nome do editor:
- Mark Blaxter
- Site do editor:
- http://www.nematodes.org/
- Sistemas operacionais:
- Mac OS X
- Tamanho do arquivo:
- 7.5 MB
jmotu. Tag
jmotu. Descrição
Software para clustering dados de sequência de DNA de código de barras em unidades taxonômicas operacionais moleculares (MOTU) O JMOTU é um pacote de software gratuito e fácil de usar para clustering dados de sequência de DNA de código de barras em unidades taxonômicas operacionais moleculares (MOTU). O JMOTU pode processar conjuntos de dados grandes e usa uma série de etapas de filtragem para minimizar o número de alinhamentos globais exatos que devem ser executados. Ao calcular as distâncias de pares, o Jmotu ignora as lacunas e conta apenas mis-mis-nucleotídeos, tornando-se relativamente robusto para sequenciar erros causados por corridas homopolímeros. Clustering é realizado usando um algoritmo ganancioso que não depende da ordem de sequência de entrada. O Jmotu foi testado em conjuntos de dados brutos de cerca de 50.000 seqüências de entrada e pode agrupar conjuntos de dados maiores, pré-avaliando pré-formando submarinos de dados antes de combiná-los para uma análise global.
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