Xcellerator. Pacote de Mathematica para modelagem biológica
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Xcellerator. Classificação e resumo

Xcellerator. Tag

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Xcellerator. Descrição

Pacote Mathematica para modelagem biológica O Xcellerator é um pacote de código aberto gratuito e aberto para o Mathematica, projetado para ajudar a modelagem biológica através da conversão automatizada de reações químicas em ODES. O Xcellerator é compatível com a sintaxe da reação definida na celebradora, mas usa um algoritmo completamente diferente para executar a tradução. Nota: o Xcellerator é licenciado e distribuído sob os termos da biblioteca GNU ou menor licença pública geral (LGPL). Aqui estão algumas características principais de "Xcellerator": · Extensibilidade de tamanho do modelo: Tradução de reação mais rápida (tanto quanto 100 vezes mais rápido que a celebradora) · Extensibilidade de software: pontos de entrada direta são limitados aos necessários pelo usuário para reduzir significativamente a possibilidade de colisão global do identificador · Extensibilidade da reação: o usuário pode definir novas reações "na mosca" · Modelos estocásticos usando a SSA de Gillespie · Extensibilidade de modelo: suporte de entrada e saída SBML (fornecido por mathsbml) · Simulação de eventos discreta · Atribuição e regras de taxa - Capacidade de adicionar restrições adicionais a um modelo como regras. · Modelos multi-cellular / multi-compartimento Requisitos: · Matematica. O que há de novo nesta versão: · Corrigir plotagem de variáveis encapsuladas como diamante .

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