Treebuilder3d. Uma visão gratuita para expressões gênicas
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Treebuilder3d. Classificação e resumo

Treebuilder3d. Tag

visualizar expressão gene expressão genetica visualizador de genes Expression Viewer.

Treebuilder3d. Descrição

Uma vista gratuita para expressões genéticas TreeBuilder3D é um espectador interativo gratuito e aberto, que permite a organização de sábio e outros tipos de dados de expressão gênica, como microarrays em dendrogramas hierárquicos, ou redes fenéticas (o termo 'fenético' usado como a análise depende de princípios, usados em análise filogenética Por System Biology) .trebuilder3d pode ser usado como um auxílio visual ao analisar as diferenças nos perfis de expressão de bibliotecas sábio, serve como uma alternativa para diagramas de Venn.Using Treebuilder3d faz com que seja possível carregar os dados de expressão no formato de arquivos de texto simples e Construa um diagrama de árvore hipotética, que descreve relações "evolutivas" entre diferentes conjuntos de dados (como bibliotecas sábio). Tais diagramas podem dar uma idéia sobre a organização hierárquica de dados de expressão gênica e permitir que você associe vários perfis de expressão (representados por bibliotecas sábio ou experimentos de microarray) com diferentes estados celulares ou estágios intermediários de uma fala (como câncer). O algoritmo de treebuilder3d é semelhante aos usados em outro método de cluster, que geralmente usam Pearson e outras métricas para agrupar os perfis de expressão semelhantes. Ao contrário deles, a Treebuilder3D visualiza não apenas o agrupamento, mas também as distâncias relativas entre conjuntos de dados e apresenta o conhecimento sobre como "longe" ou como os perfis de expressão "próximos" são uns aos outros. Além disso, à medida que opera com os dados em 3D, a Treebuilder3D remove eficientemente as restrições do espaço 2D, dando a possibilidade de visualizar as distâncias devidamente escaladas entre os conjuntos de dados. Requisitos: · Java 1.4 ou mais tarde

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