T-rfed. Um grupo de scripts Perl que ajudarão os pesquisadores a identificar os picos Profiie de uma impressão digital TRFLP usando bibliotecas de clone de genes de RRNA parcialmente sequenciados 16s RRNA
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T-rfed. Classificação e resumo

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identificar Identificador Identifique picos de perfil Perfil Identificador de picos usar biblioteca clone Perfil Peak.

T-rfed. Descrição

Um grupo de scripts perl que ajudarão os pesquisadores a identificar os picos Profiie de uma impressão digital TRFLP usando bibliotecas de clone de genes de RRNA parcialmente sequenciados 16s RRNA T-RFPRed, a previsão de fragmento de restrição de terminal é um grupo de scripts Perl que ajudarão os pesquisadores a identificar os picos de perfil de uma impressão digital TRFLP usando bibliotecas de clone de genes RRNA parcialmente sequenciados da mesma amostra. Em métodos silico, semelhantes a isso, são necessários para identificar picos de fragmentos de restrição. Basicamente, este método estima o tamanho esperado de suas seqüências de clone para uma determinada enzima de restrição. A T-RFed usa a versão genbank alinhada do projeto de banco de dados ribossomal (RDP) que será reformatada para acelerar o processo. A ideia por trás desse método é que na maioria das circunstâncias, só se pode ter seqüências parciais em uma biblioteca clone e não o gene 16s RRNA. Além disso, o primer que é usado principalmente para o T-RFLP é geralmente o mesmo que o para sequenciação e, em seguida, o método estima o comprimento do fragmento adicionando o comprimento do oligonucleótido, a estimativa do comprimento da "lacuna. "E o comprimento da sequência da amostra desde o início da seqüência de amostra até o primeiro tamanho alvo da enzima de restrição. O comprimento da "lacuna", bases ausentes entre o final do oligonucleotídeo e o início da sequência da amostra, é estimada com base em uma série de seqüências que estão mais intimamente relacionadas à seqüência de amostras em um subconjunto das sequências do projeto de banco de dados ribossomal que são longos o suficiente para abranger o oligonucleótido. Um blastn local encontra os melhores hits e, em seguida, os alinhamentos de Smith-Waterman da seqüência de amostras e os melhores sucessos dão semelhanças por cento precisas. Também a T-Frfed dá a taxonomia do parente mais próximo.

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