Sbmltoolbox. Use modelos SBML em Matlab
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Sbmltoolbox. Descrição

Use modelos SBML em Matlab O SBMLToolBox é construído no topo da Libsbml e fornece um conjunto gratuito e aberto de funções básicas, permitindo que os modelos SBML sejam usados no Matlab. SBMLToolbox fornece funções para leitura, gravação e validação de modelos SBML; Visualizar estruturas de modelo em uma simples GUI; Convertendo modelos em uma forma simbólica adequada para uso com a caixa de ferramentas matemática simbólica de Matlab; e simular modelos usando a equação diferencial de Matlab Solvers.sbmltoolbox funciona por traduzir modelos SBML de / para uma estrutura Matlab chamada matlab_sbml. Ele fornece instalações para manipular isso e suas subestruturas dentro de Matlab, bem como funções para economizar e carregar estruturas matlab_sbml de / para arquivos de dados de Matlab. A caixa de ferramentas não se destina a ser uma caixa de ferramentas de biologia de sistemas completos para Matlab, mas sim uma plataforma facilitando SBML dentro e fora do Matlab e servindo como ponto de partida a partir da qual os usuários podem desenvolver sua própria funcionalidade. Nota: SBMLToolbox é licenciado e distribuído sob os termos da biblioteca GNU ou menor licença pública geral (LGPL). Requisitos: · Matlab. O que há de novo nesta versão: · Adicionado a função getstoichiometrysparse contribuiu por Arsen Batagov. Isso retorna a matriz do estoichiometria como uma matriz esparsa e é muito mais rápida para modelos maiores. · A função TranslateBML possui um segundo argumento opcional que indica se o modelo deve ser validado antes da importação. O valor padrão é 0; indicando nenhuma validação. No caso de nenhum argumento para a função; que abre uma janela de navegação para localizar o arquivo para importar; O usuário é solicitado a indicar se a validação deve ser feita. No caso de erros de validação, eles são exibidos para o usuário, que será solicitado a importar o modelo independentemente. · Removido a função ReadAndValidate, pois esta foi essencialmente uma versão do TradatesBML que realizou validação. · Adicionado suporte para SBML Nível 2 versão 2 e Nível 23. Este suporte não se estende para a GUI que pode ser usado para visualizar componentes individuais de um modelo. · Corrigido bug na determinaçãoPeciesRoleEnReAction que falhou para um modelo de nível 1

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