RSMatch
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RSMatch Classificação e resumo

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comparar achar ana Compare RNA. Encontre RNA. Comparação de RNA.

RSMatch Descrição

Alinhando estruturas secundárias de RNA e encontrando motivos de RNA O RSMatch é um pacote gratuito e fácil de usar projetado para fornecer uma abordagem de peso leve para comparar estruturas de RNA, descobrindo assim elementos de estrutura funcional. Em comparação com outras ferramentas para comparação de estrutura de RNA, a RSMatch é rápida, exigindo tempo quadrático determinado pelos tamanhos de duas estruturas dadas. O RSMatch usa dois esquemas de pontuação, isto é, posicione esquemas independentes e dependentes de posição. O esquema independente da posição envolve duas matrizes de pontuação, uma para regiões de cadeia simples e outra para regiões de dupla encalhada. Este esquema de pontuação é usado em comparações de pares e busca de banco de dados. O esquema dependente da posição, também conhecido como perfil, pontua posições de estrutura individual e é usada pelo alinhamento de várias estruturas e funções de pesquisa de banco de dados iterativa. O RSMatch fornece opções de alinhamento globais e locais, mesmo que o último seja mais útil na maioria dos casos. Além disso, o RSMatch pode tomar estruturas baseadas em padrões como entrada.Note: os exemplos de soem estão disponíveis aqui. Requisitos: · Java.

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