Planejador RFLP. Planejador RFLP - Encontre enzimas de restrição que ajudam a diferir sequências de DNA de homogne conhecidas
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Planejador RFLP. Classificação e resumo

Planejador RFLP. Tag

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Planejador RFLP. Descrição

Planejador RFLP - Encontre enzimas de restrição que ajudam a diferir sequências de DNA de homogne conhecidas O RFLP Planner é um aplicativo de código aberto que irá ajudá-lo a planejar uma experiência RFLP: encontra enzimas de restrição que cortam um conjunto de seqüências de DNA de homólogo de maneiras diferentes e simula a imagem de gel-eletroforese resultante. O Planner RFLP deve ser independente da plataforma, mas é testado apenas no Mac OS X. ajuda você a encontrar as enzimas cruciais de restrição que caracterizam a população. Com a simulação de eletroforese é fácil escolher as enzimas de restrição que mostram o melhor polimorfismo no gel. Uma palavra-chave importante é a biodiversidade. O programa é escrito em Perl, usa alguns módulos de bioperl e da biblioteca GD. O Planner RFLP deve ser independente de plataforma, mas é testado apenas no Mac OS X.here são alguns principais recursos do "Planner RFLP": · Simulação de Gelimages (PNG): Cada imagem de seqüência uma. Cada imagem com um marcador de peso molecular. Cada enzima de restrição uma slot. · A avaliação é feita com toda a base de dados enzima de restrição BioPerl, mas as enzimas desejadas também podem ser adicionadas (enzimename ou restrição ^ site) · isoshizomers não são usados para cálculos (aparecem nos fragmentos resultantes.txt) As sequências podem ser cortadas para o mesmo comprimento ou não, mas para o gelimage as sequências originais são usadas · As bandas de marcador de peso moleculares desejadas podem ser rotuladas · Opção para rotular imagens (com nome de seqüência) · Muitos formatos diferentes de entrada e saída são suportados (BioPropero) · Abuso do programa para cortar sequências primer de um monte de seqüências: 1. Em uma sequência de primer de corte de seqüência manualmente 2. Importar todas as seqüências (FASTA) 3. Escolha: Trimm = 1, alinhados_Format = 'FASTA' · Remover automático Sequências de alinhamento ruim · Escolha a gama de enzimas de restrição pesquisadas (4, 6 ,. -BP cortador) · sequências automáticas de complemento reverso (não funciona para uma grande quantidade de SEQ; se não funcionar, tente com menos seqüências, o alinhamento exoprido em Fastá , Junte-se a ll seqüências novamente, calcular o todo)

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