| Pipeline de Marcador de Intron. Projeto de Intron Flanking Imers usando ESTs como modelo em espécies com limitada a nenhuma sequência genômica |
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Pipeline de Marcador de Intron. Classificação e resumo
- Nome do editor:
- Intron Marker Pipeline Team
- Site do editor:
- http://code.google.com/p/intron-marker-pipeline/people/list
- Sistemas operacionais:
- Mac OS X
- Tamanho do arquivo:
- 197 KB
Pipeline de Marcador de Intron. Tag
Pipeline de Marcador de Intron. Descrição
Design de primers de flanqueamento intron usando ESTs como modelo em espécies com limitada a nenhuma sequência genômica O encanamento de pipeline de marcador Intron (Imp) foi desenvolvido como uma ferramenta automatizada para projetos de primers que flanco previu a localização de intron em tags de sequência expressas (ESTs). O Pipeline de Marcador Intron (Imp) visa descrever as espécies com limitadas a nenhum dado de sequência genômica disponível. Tudo o que é necessário para a entrada é um arquivo FASTA contendo a sequência est e outro arquivo FASTA contendo qualquer sequência genômica a ser usada para previsão intron. Isso permite a flexibilidade ideal para os usuários, permitindo que eles controlem as seqüências exatas usadas. Instruções de instalação: · Baixe a distribuição atual · Desembalecer (criará sua própria pasta contendo) usando o nome de arquivo TAR -ZXVF no terminal · Instalar os utilitários de linha de comando reaapeatmasker, blat, geneseqer e primer3 e anotar o caminho para cada Um (ex: / usr / local / compartilhar / aplicativos / primer3 / src / primers_core) · Executar Perl Install.pl no diretório base do IMP · Digite os caminhos já anotados quando requisitos solicitados: · Repingmasker. · BLAT. · Geneseqer. · Utilitário de linha de comando Primer3
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