PEGA Um projeto abrangente com base no Java que estuda as propriedades de DNA e sequências de proteínas
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proteína estudar DNA. sequência proteica estudo DNA. Apresentação de DNA

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Um projeto abrangente baseado em Java que estuda as propriedades de DNA e sequências de proteínas Magpie ou o ambiente de investigação de genoma automatizado multiuso é um pacote de software para a apresentação automatizada de sequências de DNA e proteína.in informações sobre a probabilidade de codificação de um ORF é mostrada como um conjunto de 6 atributos. Essas informações são fornecidas nos gráficos Contig e na linha de informações do ORF na página verde. Os três primeiros atributos ALC refletem propriedades calculáveis da sequência, enquanto o PDM descreve quantas evidências externas (por meio de pesquisa de banco de dados) temos sobre a função da sequência. Quanto mais azul (nível 1) na caixa, mais provável é que o ORF seja realmente uma sequência de codificação. · F: (Sim / Não) A sequência de codificação potencial se encaixa no perfil do uso do códon do organismo (usando uma bondade do qui-quadrado de confiança de 99% do teste de ajuste) · A: (Sim / Não) é o% de A + G% da sequência > 50%, característica da sequência de codificação em muitos organismos · C: (nível 1, 2, 3 ou 4) Qual é o nível de compensação G + C nas posições de segundo e terceiro códon? A maioria dos organismos seguirá um padrão no conteúdo G + C sendo maior na terceira posição 'Waggle'. · P: (Nível 1,2 ou 3) Indica o melhor nível de evidência que consiste em uma correspondência de nível de proteína (por exemplo, contra Genpept, ou ARNA de Nível de Proteína / CDNA. · D: (Nível 1, 2 ou 3) indica o melhor nível de evidência que temos que consiste em fósforos para sequências de DNA no nível de ADN de comparação (por exemplo, pesquisa contra Genbank) · M: (nível 1, 2 ou 3) indica o melhor nível de evidência que consiste que consiste de fósforos para famílias proteínas (por exemplo, PFAM) ou padrões de local de ligação conhecidos (prosite) requisitos: · Java.

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