Orfprimer. orfprimer - Aplicativo Java para design de primer automático
Baixe Agora

Orfprimer. Classificação e resumo

Orfprimer. Tag

seqüência primer. projeto de primer. calcular o primer de PCR. Seqüência da loja. pcr.

Orfprimer. Descrição

Orfprimer - Aplicativo Java para design de primer automático O Orfprimer é um aplicativo Java para design de primer automático. Ele é baseado em nosso software lançado anteriormente orfer que lê o formato Genbank XML e FASTA-sequence. As sequências de proteína são tipicamente baixadas simplesmente especificando o identificador GI ou o número de acesso do destino de proteína correspondente. O Orfer extrairá a estrutura de leitura aberta das seqüências de proteína solicitadas e a exibição it.orfprimer calcula automaticamente os primers de PCR para essas seqüências. O manuseio de Orfprimer é intuitivo e bastante simples usando as configurações padrão. Além disso, proporciona muitas possibilidades para alterar as opções de cálculo antes e também após o cálculo de primers, tais como: · Mudança da posição dos iniciadores, · mudança da temperatura de fusão desejada, · mudança dos locais de restrição nas sequências de primers. maneira orfprimer combina adaptabilidade e conveniência em um programa que torna uma poderosa ferramenta de software.orfprimer fornece uma interface de banco de dados que permite armazenar as seqüências recuperadas em um banco de dados SQL local. Este banco de dados pode ser configurado usando os scripts do pacote de instalação do ORFPRIMER. No momento em que o MySQL, o Oracle e o Microsoft Access são suportados.Aqui são alguns recursos principais de "orfprimer": uso simples: · orfprimer é quase auto-explicativo · A interface gráfica do usuário (GUI) Bastafigura a manipulação: · O orfprimer foi implementado em java · orfprimer é independente de plataforma · orfprimer pode ser executado em máquinas diferentes: Windows, Linux, Mac, Unix, ... Acessibilidade on-line: · A tecnologia Java Web Start permite iniciar orfprimer via Internet · O download explícito e o procedimento de instalação não são necessário. Gerenciamento de dados: · ORFPRIMER inclui ferramentas para configurar seu próprio banco de dados. · Concorrentemente (Acesso MySQL, Oracle e Micosoft) são suportados. · Alternativamente, os dados podem ser gravados em arquivos (por exemplo, formato FASTA). Alteração de computação: · Orfprimer ser usado para calcular iniciadores para até milhares de seqüências de destino. · Este procedimento pode ser automatizado, além de ler os alvos por meio de arquivos de texto.

Orfprimer. Software Relacionado