Oligocheck.
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Oligocheck. Classificação e resumo

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Verifica qualidade sonda qualidade de verificação qualidade da sonda filogenética Verificador de qualidade

Oligocheck. Descrição

Software para verificar a qualidade das sondas filogenéticas e conjuntos de primer O Oligocheck é um software de código aberto para verificar a qualidade das sondas filogenéticas e conjuntos de primers.A capacidade de conjuntos de primeiros de ácido nucleico e sondas para ligar exclusivamente à seqüência de ácido nucleico correto é fundamental para a exacção precisa de grupos filogenéticos específicos. Essa especificidade depende em grande parte da singularidade da região da sequência de ácido nucleico, estes alvo de oligonucleótidos. Quanto mais exclusiva a região, o estabelecimento ou a sonda mais robusta estará em recozimento apenas para o alvo pretendido, mesmo que as variações na temperatura de recozimento e outros parâmetros bioquimicamente relevantes resultem no oligonucleótido ligado com sucesso com alvos com uma ou mais diferenças de base. Assim, um conjunto de primer ou sonda robusto pode ser visto como um que recorde exclusivamente ao alvo pretendido, mesmo quando um ou mais incompatíveis são permitidos.oligocheck é projetado para avaliar esta robustez, avaliando um conjunto de primer ou a faixa filogenética da sonda como o número de incompatibilidades de base com seqüência alvo potencial aumenta. O usuário fornece um conjunto de primer ou sonda para verificar, junto com um banco de dados de seqüências de ácido nucleico. Oligocheck verifica o conjunto de primer ou a sonda contra cada registro relevante no banco de dados e observa se as correspondências ocorrem com um número crescente de incompatibilidades base permitidas. A análise resultante é exibida em uma forma gráfica, juntamente com os dados de gravação de seqüência. Requisitos: · Java 1.4 ou mais tarde

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