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Biblioteca Java de código aberto para química computacional O Kit de Desenvolvimento de Química (CDK) é uma biblioteca Java para Bio e Cheminformática e Química Computacional. O kit de desenvolvimento de química é a base de outros projetos como JChempaint, Seneca, JMOL e NMRSHIFTDB. Requisitos: · Java. O que há de novo nesta versão: · Nome de parâmetro fixo · Atualizaram o destino MakeF3D para trabalhar com o sistema de compilação atual · Configure uma filial para o lançamento 1.2.4 · Correções Bug 2898399. Atualizações para o analisador Smarts para lidar com a correspondência adequada para hidrogénios explícitos (incluindo H, 1H, 2H e 3H). SmartsQueryVisitor atualizado para levar em conta diferentes isótopos de H. Testes unitários atualizados para levar em conta a correspondência de H adequada. Adicionou um teste de unidade para verificar mais H correspondência. · Adicionado testes para combinar hidrogéns · Reformulado os testes para bug 2898032. Javadocs atualizados para gerador de sorrisos · Teste de unidade adicionado para confirmar e verificar se há bug 2898032 · Atualizado uit para lidar com consultas de átomo individuais e adicionado um teste de unidade para bug 2888845. Também atualizou Javadocs para observar especificamente o comportamento de consultas de átomo único · Adicionado geração de frascos de fonte Java · Correspondências fixas para permitir XML sem novas linhas (fecha # 2832835) · Adicionado testes unitários para detecção de arquivos XML PUBCHEM. · Sobrescrever testes unitários, porque não há eventos de mudança passados por todas as implementações da interface de não rotação · Adicionado testes de unidade ausentes para a propagação do evento ICHEMMODEL para o campo do ICrystal · Propagação fixa de eventos de mudança para icemmodel quando as modificações são feitas em Ichemobjects filho · Testes de unidade fixa: o ICHEMMODEL.SETFOO (NULL) deve realmente dar um evento de mudança no ouvinte da icemmodel, e não após o registro do objeto Foo. · Teste de unidade adicionado à função da nova configuração IO para forçar a saída de coordenadas 2D. · Adicionado opção de escritor io para forçar a escrita de coordenadas 2D se as coordenadas 3D também estiverem presentes, que agora são preferencialmente emitidas. · Adicionado teste de unidade para verificar se, se coordenadas 2D e 3D estiverem disponíveis, as coordenadas 3D são emitidas. · Taglets fixos: apenas return HTML se a tag for realmente dada; O método de toString () é dado para todos os casos, não apenas quando a tag é encontrada · Bug fixo que estava causando várias partes do descritorEngine para falhar - estava tentando instanciar uma classe não descritora que reside no diretório do pacote do descritor. Esta correção é um pouco kludgy - idealmente apenas descritores deve ser nesse diretório · Corrige classcastException quando não imolecule · Atualizado para PMD 2.4.5 com muitas correções de bugs, dando relatórios de erros mais precisos · Adicionado Dependência ausente no CDK-diff, sendo usado em um dos testes de unidade · Nomes de métodos fixos para coincidir com aqueles na classe de teste · Nome do método de teste fixo para corresponder aos padrões esperados, corrigindo um teste de cobertura falhar · Código duplicado removido: molecularformulatest agora estende abstractmolecularformulatest · Anotação do método de teste fixo para apontar para o método direito · Adicionado anotação ausente de @testmethod · Módulos adicionados que estavam faltando no teste de PMD · Módulos adicionados que estavam faltando nos testes do DocCheck · Patch para Bug 2843445. Objetivos para corrigir a geração de coordenadas NAN pelo SDG · Corrigir o teste da unidade para não fornecer uma exceção 'Entrada deve suportar marca' em algumas plataformas, envolvendo o InputStream em um bufferedIputStream. · Adicionado dependências ausentes · Adicionado Icoformats a módulos para testar · Use o StringBuilder para agregar os dados do campo, o que fornece um enorme aumento de desempenho para o arquivo SD, onde os dados do campo de múltiplas são encontrados. · Use o StringBuilder para agregar os dados de campo, o que fornece um enorme aumento de desempenho para o arquivo SD, onde muitos dados de campo, como o chebi_complete.sdf · Etapas fatoradas para ler o bloco de dados do arquivo SD · Versão colmada, para deixar claro que este não é o lançamento 1.2.3 · Corrigido registrando na tag cdk.threadnonsage (fecha # 2796362) · Padrão obsoleto removido da etiqueta velha do svnrev · Javadoc fixo para remover vestígios da antiga tag SVNRev · Mensagem de exceção sincronizada com implementação (correções # 2844333) · A eletronegatividade de pauling é copiada em configurar também. Eu não posso ver por que não copiar tudo o que temos. · Adicionado anotação de bug · Caixa de teste para bug # 2846213 · Percepção fixa de N.planar3 onde n.sp2 foi detectado, agora levando em conta a contagem de hidrogênio dada. · Percepção fixa de benzeno com toda a ligação individual, mas a contagem de hidrogênio 1 e títulos sinalizados aromáticos. Neste caso, o tipo é c.sp2 não c.sp3. · Adicionadas asserções ao teste de unidade para valores não sendo null · Adicionado dois testes de unidade para o mesmo problema: os tipos de átomos de carbono não são percebidos corretamente se as informações do pedido de obrigações for único, e a contagem de hidrogênio e o sinalizador de aromaticidade estiver definido. · Moved aula para um pacote org.openscience.cdk, que parece funcionar agora. Estou intrigado por que não antes. Resolvido vários testes da unidade falha. · Mesclar ramificação 'cdk-1.2.x' de ssh: //egonw@cdk.git.sourceforge.net/gitroot/cdk em CDK-1.2.x · Usalizou o Jar Xom para permitir que o Sutherialializer · Erro fixo Javadocs · Corrigido uma tag javadoc errada. Também removeu a tag SVN no arquivo JJT do Parser Smarts, substituído por Tag Git · Adicionado suporte para 'Public Enum's · Erro corrigido em Bondtools.isstereo (contêiner iatomcontainer, esterearroato do iatom). Uma comparação de símbolos Atom em um loop aninhado estava usando o contador do loop externo duas vezes. Observe que funcionou antes, porque há uma espécie de fallback para números de morgan. Fallback para Morgan (correções # 2830287) · Adicionado um novo teste para BondTools · Inconsistência fixa entre aceitas () e escrever: também suportar a escrita do IatomContainerSet e o IatomContainer, como aceita () indica (correções # 2827745) · Teste geral para testes de consistência entre a gravação () e aceita (), testando que todos os icemobjetos aceitos também podem ser escritos · Teste de unidade adicionado para bug # 2826961: Atom inconsistente digitando para dois sorrisos. Teste de unidade não mostra uma falha, descartando um bug do CDK · Remova a declaração errada dos lançamentos · Bug encontrado calculando a massa exata dada uma fórmula molecular quando é negativo carregado. · Leitura fixa do banco de dados CDK / DICT / Data / Elements.owl que está agora em coruja · Emissão fixa 2458210: Use AssertNotnull (foo) etc em vez de asserttue (foo! = Null). · Adicionado equivalentes mínimos para bondmanipulator.getmaximumbondorder () métodos · Corrige afirma: após a remoção * Não * A mudança deve ser gravada · Adicionado opção IO para desabilitar os geradores de instruções de declaração XML na saída CML. · Adicionado genérico e consistia código sempre retornando uma lista do mesmo '?'. (E cerca de 80 caracteres corrigem nos javadocs.) · Adicionado testes unitários para testar que quando uma foi removida de uma Chemmodel, o Chemmodel deve ressaltar como ouvinte. · Adicionado testes unitários para propagação de eventos de conjuntos para Chemmodel. · Mais testes de bandeiras. · Corrigir o ID do trabalho júnior: Os métodos de teste devem lançar apenas uma exceção. · Corrigidas importações ausentes e envoltos em 80 caracteres Melhor excesso de manuseio no Builder3D: · Serialização fixa do IATOM com carga formal nula para não causar nullpointerexceptions · Adicionado teste unitário para a serialização de encargos formais nulos no formato MDL Molfile (que atualmente falha) · Javadocs atualizados para a ferramenta de consulta SMARTS para indicar recursos não suportados · Arquivo de origem limpo para remover finais de linha espúrias

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