Mzidlib. Biblioteca MZidentml para manipular dados no padrão MZidentml
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Mzidlib. Classificação e resumo

Mzidlib. Tag

biblioteca Dados proteômicos

Mzidlib. Descrição

O MZIDLIB é uma biblioteca gratuita, de código aberto e de plataforma cruzada que permite manipular dados no padrão PSI Mzidentml. Mzidlib vem tanto como uma ferramenta de linha de comando como uma ferramenta GUI. Além disso, todas as rotinas exportarão um novo arquivo MZidentml. Mzidlib inclui: · OMSSA2MZID (OMSSA OMX para MZIDORNTML versão 1.1 Converter) · TANDEM2MZID (X! TANDEM XML para Conversor Mzidentml versão 1.1) · CSV2MZID (Converte a saída do OMSSA CSV para Mzidentml versão 1.1) - isso pode ser personalizado para converter outros resultados no formato CSV em MZidentml · Empai - realiza o protocolo de quantificação EMPAI e os insertos resulta em um novo arquivo Mzidentml · FalsediscoveryRate - Calcula FDR local, Q-Value e FdrScore (http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/pmic.200800473/Abstract) · Mzidentml2csv - exporta PSMs, proteínas ou grupos de proteína para o formato CSV. · Proterogouper - Executa a inferência de proteína em PSMs em arquivos Mzidentml, a saída de resultados em um novo arquivo Mzidentml contendo grupos de ambiguidades de proteínas · Thresholder - Define o atributo passhreshold no espectro identificadorItem ou proteindetectionHypothese O MZIDLIB é um utilitário de plataforma cruzada capaz de executar em qualquer sistema operacional que vem com suporte a Java (por exemplo, Mac OS X, Windows, Linux).

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