Mategat.
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Mategat. Classificação e resumo

Mategat. Tag

gerar Matriz semelhança gerador de matriz matriz de similaridade. geração de matriz

Mategat. Descrição

Um gerador de matriz simples de similaridade / identidade em Java Matgat (Ferramenta de Alinhamento Global Matrix) é um gerador de matriz de similaridade / identidade simples e fácil de usar. Matgat calcula a semelhança e a identidade entre todos os pares de sequências de DNA ou proteína em um determinado conjunto de dados sem necessidade de pré-alinhamento dos dados. Matgat realiza uma série de alinhamentos em pares, calcula similaridade e identidade e coloca os resultados em uma matriz à distância. Os dados podem ser inseridos em mategat como uma função de corte e colar ou usando uma função de navegação para arquivos maiores. Os arquivos devem ser textos simples no formato FASTA padrão com várias análises de sequência, se cada um tiver uma linha de título FASTA a partir de ">". Arquivos de até 100 seqüências de DNA ou proteína foram analisados com sucesso usando Matgat. O usuário pode especificar qual tipo de matriz de alinhamento (Blosum, PAM, etc.) ele pode querer empregar com suas sequências de DNA ou proteína. Requisitos: · Java. O que há de novo nesta versão: · Durante a exportação da matriz de alinhamento na versão 2.01 e anterior a última coluna não foi · Exportado, esta versão corrige esta falha.

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