Macclade. Macclade - um software projetado para análise filogenética.
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Macclade. Classificação e resumo

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Macclade. Descrição

Macclade - um software projetado para análise filogenética. Macclade é um programa de computador para análise filogenética escrita por David Maddison e Wayne Maddison. Sua força analítica está em estudos de caráter evolução.MacClade também tem ferramentas para produzir diagramas de árvores e gráficos, entrando e editando dados e filogenies.here são algumas características principais de "MacClade": Dados de edição · Existem muitas alterações no editor de dados do MacClade, incluindo muitos novos modos de exibição e ferramentas de edição. Alguns deles são gerais, mas a maioria é projetada para uso com dados de seqüência molecular. Aqui vamos menitar em poucos.Display de dados · Existem muitas opções para como os dados podem ser exibidos. Aqui estão dois exemplos. · Você pode pedir a MacClade para colorir células de dados para que os padrões de variação do estado seja mais evidente. · Com dados nucleotídeos de codificação de proteína, você pode pedir a MacClade para mostrar a tradução de aminoácidos. Esta tradução é "ao vivo", no sentido de que muda para os nucleótidos, por exemplo, através da utilização das ferramentas de alinhamento (consulte a próxima seção), causar atualizações imediatas aos aminoácidos mostrados.Tools no editor · No Macclade 3, existe Apenas uma ferramenta disponível no editor: a seta. O Macclade 4 possui uma paleta de ferramentas, com 17 seqüências de ferramentasConsensus · Macclade 4 pode calcular e exibir seqüências de consenso. Existem várias opções para o cálculo, permitindo que uma exiba seqüências de consenso de variando severo. · Listar janelas e a seleção e manipulação de objetos · No MacClade 3, há uma janela de status de caracteres que lista os caracteres e suas várias propriedades. Esta é a janela na qual você pode alterar os pesos e tipos de um caractere. No Macclade 4, a janela da lista de caracteres foi muito melhorada, e agora também há janelas equivalentes para taxas, árvores, conjuntos de peso, conjuntos de tipos, conjuntos de inclusão, conjuntos de caracteres e conjuntos de táxons. Nestas janelas, você pode renomear, reordenar, excluir e modificar esses objetos.Interrações com paup · Há um número de recursos adicionados ao MacClade 4 para melhorar as interações entre o PAUP e o MacClade. Aqui estão três exemplos: Gerenciamento do Bloco Nexus · Agora você pode manipular vários blocos de Nexus contidos no arquivo de dados, incluindo blocos de paup. Isso permite editar comandos que o PAUP irá processar quando executar o arquivo.constraint Trees · Você pode pedir a MacClade para salvar a árvore na tela como uma árvore de restrição. Se você fizer isso, salve o arquivo no MacClade e, em seguida, execute-o no PAUP *, a restrição estará disponível para uso com os comandos de pesquisa e filtragem do Paup.Decay · Enquanto o MacClade 4 não calcula os índices de decaimento (Valores de suporte de Bremer ) Em si, criará um arquivo de paup contendo os comandos de texto necessários para calcular os valores do índice de decaimento de todos os revestimentos na árvore na janela da árvore de Macclade. Se você executar este arquivo no PAUP, o PAUP executará todas as pesquisas relevantes para calcular os índices de decadência. · Salvar desabilitado O que é novo nesta versão: · Mostrando número de incertezas ou polimorfismos na janela da lista de taxon.

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