MacGDE.Um conjunto de programas para vários alinhamentos e análises de seqüência. | |
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MacGDE. Classificação e resumo
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- Licença:
- Freeware
- Preço:
- FREE
- Nome do editor:
- Dr. Eric W. Linton
- Site do editor:
- http://www.msu.edu/~lintone/macgde
- Sistemas operacionais:
- Mac OS X 10.3 or later
- Tamanho do arquivo:
- 42.8 MB
MacGDE. Tag
MacGDE. Descrição
Um conjunto de programas para vários alinhamentos e análises de seqüência. A MacGDE é um conjunto de programas para vários alinhamentos e análises de seqüência. Os programas usam uma interface de usuário expansível que permite a adição de funções de análise externas sem qualquer reescrita do código. O sistema suporta vários tipos de dados, sequências nucleicas e aminoácidos, texto e seqüência de mascaramento e três formas de realização de cores. A MacGDE possui várias funções de análise externa incluídas para coisas como reconhecimento de homologia, alinhamento automatizado, busca e análise filogenética. Requisitos: · Ambiente de janelas x11. O que há de novo nesta versão: · Corrigido a configuração do tamanho da janela para que o MacGDE não abra maior que a tela de visualização. · Adicionado "GDE Menus Full ou Basic" no menu Arquivo para que os usuários possam ter GDE sem todas as adições que eu fiz. Isso remove os menus da filogenia e muitos outros programas que adicionei. Você pode alternar entre o menu dois, mas você deve abrir uma nova janela GDE para ver as alterações. · Modificou o comando Importar Formato Estrangeiro para que apenas os dados do arquivo seja trazido em deixar o arquivo original sozinho. · Uma cópia do final do arquivo com .gde não é mais feita. Um aviso agora é dado para lembrar de nomear o arquivo com o comando salvar como ... após a importação. · Importar formato estrangeiro agora reconhece arquivos de formato clustal usando Clustalw (deve estar presente) incluído com MacGDE. · Adicionado um comando de sequência de cromat de exibição para visualizar os cromatogramas na vida. Isso usa um painel assim como os comandos Abrir e Importar para localizar o arquivo e abri-lo. · Importar cromat e visualizar comandos de seqüência de cromat agora lidar com espaços nos nomes de diretório (pasta). · Mas os nomes dos arquivos Cromat não podem ter espaços. · Os arquivos de árvore desoetos agora terminam em .tre para que o TreeView X os abra diretamente. · Alterou as configurações do Sr. Bayes MCMC para o tipo de consenso ser "tudo compatível". · Isso agora corresponde às configurações padrão do Sr. Bayes e geralmente adiciona resolução e suporte a nós. · Em paup, a multicpu foi alterada para 2 ou 4 CPUs. Como a maioria dos computadores agora tem 2 ou 4 CPUs · Eu alterei as opções de execução para que as bootstraps possam ser executadas automaticamente. Eu removi a opção manual. Esperançosamente, isso tornará mais fácil para todos terem as suas bootstras de paup mais rapidamente. · Adicionado um recurso de banco de dados de sobrescrito aos bancos de dados de gerenciamento de DNA de DNA local e gerenciar bancos de dados de blast de proteína local sob o menu de gerenciamento de seqüência. Isso permitirá que você substitua um banco de dados existente inteiro. · Útil se você acidentalmente adicionou algo a um banco de dados que você não quis dizer. · Isso tem o mesmo efeito que a exclusão, em seguida, recriando um banco de dados, mas apenas em um passo. Adição de novo programa: · Paralelo Sr. Bayes (Phylogeny 1> Mrbayes3.1.2 Executar opções) Você pode escolher um processador (isso funciona regularmente Sr. Bayes) ou 2 ou 4 processadores (execute PMRBayes). Você precisará estar executando o Mac OS 10.5 ou melhor para isso funcionar e ter 2 ou 4 processadores. · Phyml 3.0 sob filogenia 2 usa a interface semelhante a filipe. · Prottest 2.1 sob filogenia 1 · Snap: Programa de análise não sinônimo sinônimo no menu DNA / RNA. Este programa calcula as taxas de substituição sinônimos e não sinônimos com base em um conjunto de seqüências de nucleotídeos alinhadas por códon. · Árvore de distância sinônima ou não sinônimo (encaixe) sob o menu Phylogeny 2. Isso usa snap para gerar uma matriz de distância DS ou DN que pode ser analisada com o programa vizinho do pacote de Phylip para criar árvores. Atualizações para outros programas: · A explosão é agora na versão 2.2.20 · Cap2 (Gerenciamento de Sequências> Montar Contigs) agora manterá o nome das seqüências de até 50 caracteres. · A Phylip está agora na versão 3.68
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