KEGG2SBML. Utilitário de linha de comando pode converter arquivos de banco de dados do Pathway KEGG para SBML
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KEGG2SBML. Classificação e resumo

KEGG2SBML. Tag

conversor converter conversão converter kegg. Conversão KEGG conversor SBML.

KEGG2SBML. Descrição

O utilitário de linha de comando pode converter arquivos de banco de dados do Pathway KEGG para SBML KEGG2SBML pode converter arquivos de banco de dados de KEGG (Enciclopédia de Kyoto Enciclopédia e genomas) para SBML usando o banco de dados do KEGG LIGAND. Os recursos do KEGG2SBML estão atualmente limitados a converter apenas arquivos de caminho metabólicos de KEGG e não outros tipos de KEGG Files.Kegg2sbml podem converter o banco de dados do Caminho KEGG 46.0 ou posterior. (Lançamentos passados do banco de dados do Pathway KEGG não foram testados e não podem ser convertidos por KEGG2SBML.) KEGG2SBML pode gerar o nível 2 versão 2 e Nível 2 versão 3 sem anotações usadas pelo CellDesigner e Nível 1 e Nível 2 (versão 1), com ou sem anotações.Note: KEGG2SBML é licenciado e distribuído sob os termos da biblioteca GNU ou menor licença pública geral (LGPL). O que há de novo nesta versão: Mudanças no Caminho da Parsing KEGG: · Release 46.0 do banco de dados do pathway KEGG 46.0 ou posterior pode ser convertido. (Lançamentos anteriores do banco de dados do Pathway KEGG podem não ser convertidos pela KEGG2SBML versão 1.5.0.) · Outro arquivo de formato (* .coord) é suportado · Arquivo de formato existente (* .conf) também é suportado. -o opção pode ser usada para usar explicitamente este formato. · *. O arquivo é analisado em vez de * .conf arquivo por padrão Mudanças na parsing KEGG Ligand: · Melhoria de desempenho armazenando uma tabela de hash para cache arquivos e lendo esses arquivos de cache em vez de analisar arquivos de banco de dados do lignad (cerca de 10 vezes mais rápido para analisar o banco de dados do ligando) Mudanças na escrita SBML: · SBML Nível 2 versão 2 e Nível 2 versão 3 são suportados. (Atualmente, as tags de anotação da CellDesigner não são suportadas com esses níveis / versão SBML.) Opções adicionadas: · '-R': Analise arquivos de banco de dados do ligando em vez de ler arquivos de cache binários localizados no mesmo diretório. (padrão: ler arquivos de cache (* .bin)) · '-O': Analisar arquivos * .conf em vez de * .Coord arquivos quando um nome de diretório é dado como um argumento ou - a opção é definida. (Padrão: Analise * .Coord arquivos) · A KGML não é mais usada a partir desta versão. · Outras pequenas melhorias e correções.

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