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Jcat. Classificação e resumo

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seqüência adaptar Análise de seqüência Adaptar Codon Usagre. Sequência de organismo. Uso do códon

Jcat. Descrição

Adapta o uso do códon para organismos prokarióticos sequenciados O JCAT é um programa gratuito que apresenta um método simples para adaptar o uso do códon para a maioria dos organismos prokaryóticos sequenciados e organismos eucarióticos selecionados. A adaptação do códon desempenha um papel importante nos casos em que os genes estrangeiros são expressos em hosts e o uso do códon do hospedeiro difere da do organismo onde o gene decorre. Os códons não adaptados no hospedeiro podem, por exemplo, levar a uma taxa de expressão menor. A adaptação é baseada em valores de CAI propostos pela PM Sharp et.al. Os valores de CAI foram calculados aplicando um algoritmo de um carbone et. al. Os genomas eucarióticos do rato e humano contêm diferentes tipos de vieses ao longo dos cromossomos e o algoritmo não é perfeitamente adequado para este problema. Os resultados neste campo devem ser tratados com cuidado. O uso médio do códon para um certo organismo foi derrivado ao redor de todos os valores de CAI de todos os genes desse organismo (exceto genes sem uma sequência de aminoácidos, por exemplo, RNAs) dividido pelo número de genes. Esses dados também são apresentados na saída gráfica da adaptação do códon. Requisitos: · Java 1.4 ou mais tarde

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