Jalview. Um editor de alinhamento múltiplo grátis escrito em Java
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visualizar buscar editar Editor de alinhamento Protein Viewer. Fetcador de seqüência

Jalview. Descrição

Um editor de alinhamento múltiplo grátis escrito em Java O Jalview é uma ferramenta de código aberto amplamente usada em uma variedade de páginas da Web (por exemplo, o servidor EBI Clustalw e o banco de dados de domínio da proteína PFAM), mas está disponível como um editor de alinhamento de uso geral. Aqui estão algumas características principais de "Jalview": Interface de usuário: · Destino ligado de codão e aminoácido de tradução e produtos proteicos · Destaque ligada da estrutura associada ao mapeamento de resíduos à posição do códon · Sequence Fetcher fornece exemplo números de adesão e botão 'claro' · MemoryMonitor adicionado como uma opção no menu Ferramentas da área de trabalho · Extrair a função de pontuação para analisar os dados numéricos separados por espaço em branco na linha de descrição · Etiquetas de coluna na anotação de alinhamento podem ser centradas. · Tooltip para a sequência ANOTAÇÃO associada, dê nome de seqüência Serviços da Web e URL buscando: · Serviço da Web JPRED3 · Cliente de pesquisa de seqüência de protótipo (sem serviços públicos disponíveis ainda) · Feticar alinhamento de sementes ou alinhamento total da PFAM · Links de URL criados para correspondências de banco de dados correspondentes, bem como ID de sequência · Os links de URL podem ser criados usando expressões regulares Conectividade de banco de dados de sequência: · Recuperação de seqüências cruzadas de outras bases de dados · Recuperação de referência de banco de dados generalizada e validação para todos os bancos de dados feticíveis · Buscar seqüências de fontes DAS suportando o comando de sequência · Importar e exportar as linhas de anotação de exportação como CSV para importação de planilhas · Jalview Projects registra Associações de conjuntos de dados de alinhamento, produtos EMBL e mapeamentos de sequência de ADNc · A cor do grupo de seqüência pode ser especificada no arquivo de anotação · Coloração ad-hoc de grupo no arquivo de anotação usando triplo RGB como nome de Colourscheme · Capacidades de cliente Vamsas (Experimental) · Ligação de Treenode para a troca de árvores de Vamsas · Edição local e atualização de seqüências em alinhamentos de Vamsas (Experimental) · Criar nova ou selecione a sessão existente para participar · Carregar e salvar de documentos de Vamsas Linha de comando do aplicativo: · Parâmetro de árvore para abrir árvores (introduzido para passar do applet) · Argumento de linha de comando fetchfrom para especificar apelidos de servidores DAS para consultar recursos de alinhamento · Argumento de linha de comando dasserver para adicionar novos servidores que também são automaticamente consultados para recursos · O argumento da linha de comando Groovy executa um determinado script groovy depois que todos os dados de entrada tiverem sido carregados e analisados Troca de dados do aplicativo Applet: · As árvores passadas como parâmetros de applet podem ser passadas para aplicação (ao usar "Visualizar em aplicação total") Parâmetros de applet: · Parâmetro de controle de exibição de grupo de recursos · Parâmetro de depuração · Parâmetro ShowButton. Métodos da API de applet: · Método público newview · Janela (visualização atual) Obter / definir métodos públicos · Métodos de controle de exibição de recursos · Obter lista de seqüências atualmente selecionadas Novos recursos de distribuição Jalview: · Instalador instalador atualizado para IA 2008 VP1 · O arquivo de liberação fornece propriedades de construção para o mais recente lançamento do Jalview. · Java 1.1 Applet Build facilitou e donotobfuse a execução de controles de propriedade de Ofuscator · Construir o alvo para gerar a distribuição de origem · Bandeira de depuração para javacc · O arquivo .jalview_properties é documentado (ligeiramente) em jalview.bin.cache · Integração contínua para a versão estável e de desenvolvimento da aplicação, Requisitos: · Java.

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