Jaligner. O algoritmo Smith-Waterman implementado em Java para alinhamento de seqüência de pares locais biológicos
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Jaligner. Classificação e resumo

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Jaligner. Descrição

O algoritmo Smith-Waterman implementado em Java para alinhamento biológico de seqüência de pares locais O Jaligner é uma implementação Java de código aberto do algoritmo Smith-Waterman com a melhoria de Gotoh para alinhamento de seqüência de pares biológicos locais usando o modelo de penalidade de afins. Aqui estão algumas características principais de "Jaligner": · A complexidade espacial para executar a programação dinâmica com a matriz principal de pontuação de similaridade e as 2 matrizes de lacunas auxiliares é reduzida de O (m? N) para O (n), onde M e N são os tamanhos da seqüência vertical e a sequência horizontal respectivamente, usando matrizes dimensionais únicas suficientes de tamanho n, em vez das matrizes bidimensionais originais de tamanho m? n. · A matriz bidimensional de tamanho M? N, para manter as instruções de rastreamento (diagonal, esquerda, para cima e parada), é mapeada em uma matriz única de tamanho M? N. Essa abordagem acelera o processo de alocação de memória porque a máquina virtual Java (JVM) tenta alocar uma matriz monopimensional de m? N "bytes" (tipo de dados primitivo), em vez de tentar alocar uma matriz de m "objetos" , cada um dos quais é uma "matriz" de n bytes. · Além das já incluídas 70 matrizes de pontuação, que foram retiradas do site NCBI, Jaligner também funcionará com matrizes de pontuação definidas pelo usuário. · É fácil de usar o Jaligner através de uma interface de usuário gráfica amigável (GUI), sintaxe de linha de comando simples ou interface de aplicativo de programação reutilizável (API).

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