Ferramentas Sam Um formato genérico flexível para armazenar alinhamento de seqüência de nucleotídeos
Baixe Agora

Ferramentas Sam Classificação e resumo

Ferramentas Sam Tag

loja manipular Alinhamento de nucleótidos da loja. manipular alinhamento Manipulador de alinhamento alinhamento

Ferramentas Sam Descrição

Um formato genérico flexível para armazenar o alinhamento de seqüência de nucleotídeos Sam (Alinhamento de Sequência / Mapa) é um formato genérico flexível para armazenar o alinhamento de seqüência de nucleotídeos. As ferramentas SAM fornecem utilitários eficientes em alinhamentos de manipulação no formato SAM. Aqui estão algumas principais características das "Sam Tools": · É flexível o suficiente para armazenar todas as informações de alinhamento geradas por vários programas de alinhamento; · É simples o suficiente para ser facilmente gerado por programas de alinhamento ou convertidos de formatos de alinhamento existentes; · É compacto no tamanho do arquivo; · Permite que a maioria das operações no alinhamento funcione em um fluxo sem carregar todo o alinhamento na memória; · Permite que o arquivo seja indexado pela posição genômica para recuperar eficientemente todas as leituras alinhando para um locus. O que há de novo nesta versão: · SamTools é mais consistente com a especificação: a) '*' no · Qual campo é permitido; b) O separador de campo é somente e espaço · É tratado como um personagem em um campo; c) cabeçalho vazio é permitido. · Implementou o suporte GLFV3 em Pileup. · Corrigido um erro grave no fixmate: a informação do strand é erroneamente · Sobrescritível. · Corrigido um bug na recuperação de alinhamento: os alinhamentos a ponte n * 16384BP são · Não é recuperado corretamente às vezes. · Corrigido um bug no RMDUP: SEGFAULT se as leituras não marcadas estão presentes. · Mover indel_filter.pl para samtools.ple melhorou a filtragem por · Verificar o número real de alinhamentos contendo indels. A indel · A linha de pileup também é alterada um pouco para facilitar essa filtragem. · Corrigido um pequeno bug na indexação: o número do bin de uma leitura imparcial é · Errice calculado. · Adicionado o comando `Flagstat 'para mostrar estatísticas no campo da bandeira. · Melhoria do chamador de Indel, definindo o tamanho máximo da janela no local · Realinhamento. Mudanças em outros utilitários: · Corrigido um bug no maq2sam: um nome de tag é obsoleto. · Melhoria ao WGSIM: a) Suporte adicional para simulação de leitura sólida; · B) Mostrar o número de substituições / indels / erros no nome de leitura; · C) Código considerável Limpar. · Vários conversores: melhor funcionalidade em geral. · Atualizou o exemplo SAM devido ao bug anterior no Fixmate.

Ferramentas Sam Software Relacionado