Docker Virtual Moleegro. Uma plataforma integrada para prever a proteína - interações do ligando
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Docker Virtual Moleegro. Classificação e resumo

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proteína interação prever interação Proteína - Ligand. Previsão de interação ligando

Docker Virtual Moleegro. Descrição

Uma plataforma integrada para prever a proteína - interações do ligando O MoleGro Virtual Docker é uma plataforma integrada para prever as interações de proteína - ligando. O Docker Virtual MoleGro lida com todos os aspectos do processo de encaixe da preparação das moléculas para a determinação dos possíveis locais de ligação da proteína alvo, e a previsão dos modos de ligação do Ligands.MoleGro Virtual Docker fornece ao usuário com base em alta qualidade baseada em Uma nova técnica de otimização combinada com uma experiência de interface de usuário com foco na produtividade e usabilidade. O Docker Virtual do MoleGro (MVD) tem mostrado para produzir maior precisão de ancoragem do que outros produtos de encaixe de última geração (MVD: 87%, Glide: 82%, Surflex: 75%, Flexx: 58%). Nota: Para baixar o aplicativo, você deve solicitar uma avaliação gratuita e salvar a chave de licença de teste. Aqui estão algumas características principais do "MoleGro Virtual Docker": Importação e preparação da molécula: · É fácil importar e preparar moléculas. · Os arquivos de estrutura molecular são analisados em componentes relevantes (ligandos, cofatores, moléculas de água e proteínas) e podem ser automaticamente preparadas. · Análise de avisos e erros são mostrados em uma hierarquia conveniente. · O detector de cavidade integrado identifica locais de ligação promissores, tornando possível restringir o espaço de pesquisa às regiões mais interessantes. · Um assistente de protonação permite identificar rapidamente alvos potenciais de protonação (por exemplo, resíduos de histidina) e alterar seu estado de protonação rapidamente usando um menu de contexto. Docking: O processo de encaixe é gerenciado através do assistente de acoplamento. O assistente permite que você: · Selecione quais estruturas incluem na simulação. · Escolha a região de ligação potencial (o MVD exibirá automaticamente os possíveis bolsos de ligação). · Configurar propriedades de algoritmo de pesquisa e configurar cluster e log de dados. · Gerenciar restrições adicionais. · Inspecione os avisos sobre preparações improváveis e falta de informação estrutural (por exemplo, resíduos desconhecidos). Análise: · O organizador de pose permite que você navegue nas poses retornadas pelo mecanismo de encaixe. É capaz de carregar poses de uma corrida de encaixe dinamicamente, tornando possível navegar milhares de ligandos. · É possível inspecionar os vários termos e interações de energia e também é possível calcular as medidas mais avançadas de afinidade de repetição e vinculação. Obrigações de hidrogênio e interações eletrostáticas são atualizadas dinamicamente ao alternar entre poses. Visualização de seqüência e estrutura: · O Visualizador de Sequência permite identificar e selecionar rapidamente resíduos em uma proteína. · A visualização dos desenhos animados destaca as diferentes regiões da estrutura secundária. Restrições: · Várias restrições possibilitam alterar a paisagem de energia (por exemplo, recompensando certas regiões do espaço de pesquisa) ou para forçar ou impedir certas interações ocorridas. · As restrições podem ser definidas com base em propriedades químicas (por exemplo, aceitadores de ligação de hidrogênio ou átomos de anel) ou átomos individuais podem ser especificados para cada ligando. Analisador de dados: · O analisador de dados no MVD pode criar modelos de regressão (redes neurais ou regressão linear múltipla), extrair medidas estatísticas e visualizar dados. · Prever propriedades numéricas de compostos ancorados de corridas de encaixe de MVD. Modelos criados pelo usuário podem ser aplicados diretamente no organizador da pose. · Criar modelos de regressão usando descritores numéricos importados (por exemplo, de software de terceiros). · Seleção de recursos para encontrar os descritores relevantes. · Plugin de transformação de dados algébricos para manipular descritores ou criar descritores derivados. · 1d parcelas (histogramas), tramas 2D (parcelas X-Y) e parcelas 3D. · Várias medidas estatísticas. Flexibilidade de Sidechain: · No MVD, a flexibilidade do sidechain é implementada suavizando o potencial durante o encaixe (aumentando a tolerância dos potenciais PLP ou enfraquecendo as interações sidechins selecionadas), encaixando um conjunto diversificado de poses e, finalmente, otimizando as configurações do sidechain. Também é possível minimizar manualmente uma estrutura do receptor. · Após a conclusão da simulação de ancoragem, as poses encontradas podem ser inspecionadas simultaneamente com sua conformação de receptores correspondentes diretamente no organizador de posições. Modelo de ancoragem: O MVD torna possível encaixar ligandos contra modelos de ancoragem. Semelhante a farmacóforos, os modelos são construídos de propriedades químicas relevantes (como capacidades de ligação de carga e hidrogênio) e podem ser geradas automaticamente a partir de uma ou mais conformações do ligando. Modelos podem ser usados de várias maneiras: · Para alinhar flexivelmente um número de ligandos (e determinar uma pontuação para sua semelhança). · Para focar ou guiar a simulação de ancoragem combinando a pontuação de similaridade do modelo com uma função de pontuação de ancoragem baseada em receptores. · Para extrair uma pontuação de similaridade de grávida de cada ponto de modelo e criar um modelo de regressão usando o analisador de dados (3D Qsar). Outras características: · Executa no Mac (PowerPC e Intel), Linux (32 bits e 64 bits) e Windows Machines. · Sistema de macro extensível e personalizável com editor integrado. · Superfícies moleculares personalizáveis e representação de backbone. · Gerador de biomolécula para arquivos PDB contendo informações de transformação de simetria. · Rotulagem de texto avançado para várias propriedades moleculares. · Ajuda on-line e verificação automática para atualizações. · O MVD pode ser rotulado usando sua própria linguagem de script ou por idiomas de script externas (um wrapper python está incluído). · Modificador de poste para modificar manualmente poses. Limitações: · 30 dias período de teste. O que há de novo nesta versão: · Uma implementação da função de pontuação das plantas, disponível em uma grade e uma versão sem grade. · Um novo algoritmo de busca de acoplamento, iterated simplex, com uma estratégia de amostragem adaptativa opcional baseada no algoritmo de otimização de colônias de formigas. · Grade virtual de Moleegro. Uma nova infraestrutura para distribuir corridas de encaixe. · Um novo Raytracer integrado, tornando possível criar gráficos de qualidade de publicação. · Melhorias de interface de usuário menores e correções de bugs (consulte Notas de versão para detalhes).

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