Descritor de padel. calcula descritores moleculares e impressões digitais
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Descritor de padel. Descrição

Calcula descritores moleculares e impressões digitais Padel-descritor é um software Java que pode calcular descritores moleculares e impressões digitais. O descritor de padel calcula atualmente 404 descritores (2701D, descritores 2D e 134 descritores 3D) e 7 tipos de impressões digitais (o padrão atual calcula apenas o conjunto do picão de impressões digitais). Os descritores e impressões digitais são calculados usando o kit de desenvolvimento de química com alguma adição interna para descritores eletrotopológicos.USAGE: · Selecione o diretório contendo os arquivos estruturais das moléculas. Formatos de arquivo mais comuns (por exemplo, MDL Mol, Smiles, PDB) são suportados, mas o formato de arquivo recomendado é MDL Mol. · Selecione um arquivo para salvar os descritores calculados para. Os descritores serão salvos no formato de arquivo de valor separado por vírgula (CSV). A primeira linha é a linha de cabeçalho. As linhas subseqüentes conterão os descritores calculados para uma molécula por linha. A primeira coluna é o nome da molécula, que é obtida a partir do arquivo estrutural ou autogenerado (será prefixado com o Autogen_ seguido pelo nome do arquivo). Colunas subseqüentes são os descritores para as moléculas. · Marque a opção "1D e 2D" se desejar calcular os descritores 1D e 2D. · Verifique a opção "3D" se desejar calcular os descritores 3D. · Verifique a opção "Impressões digitais". Se você deseja calcular impressões digitais. · Verifique a opção "Remover sal" se desejar remover sais como NA, CL da molécula antes do cálculo dos descritores. É melhor remover os sais da molécula usando seus próprios meios do que confiar neste software para fazer o trabalho. · Verifique a opção "Adicionar hidrogênio" se você deseja adicionar hidrogênios explícitos, que são necessários por alguns algoritmos de cálculo do descritor, antes do cálculo de descritores. É melhor adicionar hidrogênios explícitos usando seus próprios meios do que confiar neste software para fazer o trabalho. · Verifique a opção "converter para 3D" se desejar converter a molécula para 3D antes do cálculo de descritores. É melhor converter a molécula para 3D usando seus próprios meios do que confiar neste software para fazer o trabalho. · Digite um valor (maior que 0) para a opção "compostos máximos por arquivo", se você deseja limitar o número máximo de compostos a serem salvos em um arquivo de descritor. Isso é útil para limitar o tamanho de um arquivo de descritor e pode ajudar a impedir a desaceleração do cálculo do descritor devido à gravação de novos valores do descritor para um arquivo de descritor grande. · Se você deseja selecionar os tipos de descritores ou impressões digitais que serão calculados , Você pode editar o arquivo descritors.xml que está presente no mesmo diretório que o arquivo padel-descriptor.jar. Basta alterar o atributo 'valor' de um descritor para 'true' para ligá-lo e 'falso' para desligá-lo. Aqueles que executam este software usando o Java Web Start terão que baixar os descritores.xml, editá-lo e, em seguida, carregar o arquivo usando o menu "Tipos de descritores de carga". Requisitos: · Java 1.6 ou mais tarde O que há de novo nesta versão: · Bug fixo que causa erros de exceção Java se o arquivo para salvar os descritores não possui uma extensão de arquivo.

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