CompletectCompositionVectorCli. Um aplicativo baseado em terminal para genotipagem por meio de vetores de composição completa e MapReduce
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CompletectCompositionVectorCli. Classificação e resumo

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vetor MapReduce. ccv.

CompletectCompositionVectorCli. Descrição

A abordagem clássica de genotipagem foi baseada na análise filogenética, começando com um alinhamento de múltiplas sequências. Os genótipos são então estabelecidos pelo exame especializado de árvores filogenéticas. No entanto, tais métodos são suboptimais para um conjunto de dados em rápido crescimento, porque exigem um esforço humano significativo, e porque aumentam a complexidade computacional rapidamente com o número de seqüências. CompletectCompositionVectorCli emprega um método para genotipagem que é independente de qualquer alinhamento múltiplo de seqüência.comPletecompositionPositionVectorCli usa o algoritmo de vetor de composição completo para representar cada sequência no conjunto de dados como um vetor derivado de seus k-mers constituintes, e agrupamento de propagação de afinidade para agrupar as sequências em genótipos com base em uma medida de distância sobre os vetores. Nossos métodos produzem resultados que correlacionam bem com revestimentos ou genótipos definidos por especialistas, a uma fração do custo computacional dos métodos tradicionais filogenéticos. Instruções detalhadas sobre como instalar e usar o utilitário completectCompositionPositionVectorCli no seu Mac estão disponíveis aqui.

CompletectCompositionVectorCli. Software Relacionado