Cloner serial Fornece ferramentas com uma interface intuitiva que ajuda você na clonagem de DNA, análise de seqüência e visualização
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Cloner serial Classificação e resumo

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clone dnd. molécula Análise de seqüência Clonagem de DNA. Visualize DNA.

Cloner serial Descrição

Fornece ferramentas com uma interface intuitiva que auxilia na clonagem de DNA, análise de sequência e visualização Serial Clone é um software de Biologia Molecular que fornece ferramentas com uma interface intuitiva para auxilia na clonagem de ADN, análise da sequência e visualization.Serial Cloner agora lida Características / Anotações, que tem sido o melhoramento mais solicitados. O usuário pode fazer anotações em qualquer parte de sequência ou usar a verificação automática para detectar comum features.Serial Cloner pode ler e escrever arquivos Strider compatíveis com DNA e também importar ou exportar arquivos no formato FASTA. Outra novidade nesta versão é a possibilidade de ler arquivos de MACACO e VectorNTI com as suas características, bem como sequências pDRAW32. arquivos GenBank / EMBL também podem ser importados ou ler a partir de internet usando os interface.Powerful ferramentas de visualização gráfica web incluído e interfaces simples ajudar as etapas de análise e construção de uma forma muito intuitiva. Todas as ferramentas que você precisa para analisar e manipular suas seqüências estão disponíveis em um conceito de tudo-em-um-janela. Todas as funções principais são acessíveis através de um compacto interface.Serial Cloner também permite que você construa mapa de restrição de texto e rapidamente formatá-lo para adicionar tradução multi-frame ou só mostram cortadores individuais, por exemplo. O mapa gráfico da Cloner Serial é realmente gráfico como você pode facilmente selecionar e extrair um recurso, um fragmento ou mostrar cortador single, duplo ou múltiplo todos no mesmo window.Serial Cloner ajudará você a definir-se novos projectos sub-clonagem e na preparação das versões eletrônicas de suas construções. Além dos mapas de restrição clássicos - tanto gráfica e de texto com base em - ou janelas de uso do site, você será capaz de configurar rapidamente uma amplificação baseada em PCR ou preparar adaptadores sintéticos. shRNA construções com base em estruturas de suporte pré-definidas são também automated.You pode montar fragmentos, obtidos por PCR, adaptador / shRNA síntese ou simplesmente por graficamente seleccionando fragmentos entre os sítios de restrição. Basta selecionar, sem corte, se você precisa, e clique na interface adicional ligadura button.An permite fácil clonagem gateway para ambas as reações BP e LR. Finalmente, Serial Cloner fornece uma interface para alinhar duas seqüências usando um algoritmo local ou o servidor BLAST2Seq NCBI e extrair um consenso um cortador virtual, um navegador web com importação instantânea de entradas NCBI / EMBL e um mapa de restrição silenciosa generator.Serial Cloner também permite para preparar rapidamente texto ou arquivos Fasta-formatado para apresentar um pedido multi-alinhamento de Clustal. O que há de novo nesta versão: · Cloner Serial agora lida com Features / Anotações. Recursos podem ser adicionados manualmente ou por varredura (ver abaixo). · Um novo painel na janela Sequence para gerenciar Características / Anotações · A função de digitalização (disponível tanto na janela Sequence e na barra de ferramentas) para detectar automaticamente os recursos. No momento, ele usa um banco de dados interno. A próxima versão do Cloner Serial permitirá definir listas de usuários. · A varredura automática disponível directamente no Mapa gráfico (disponível na barra de ferramentas ou do menu) · adicionar um recurso após a seleção de um segmento no mapa gráfico. · Seleção da seqüência de recurso na janela Sequence quando um duplo clique no nome do recurso no mapa gráfico. · Montar e guardar um ficheiro de multi-Sequência Fasta-formatada contendo todas as sequências actualmente aberta (útil para o alinhamento multi-sequência (por exemplo, CLUSTAL) submissão) · Montar e copiar para a área de transferência de um texto de multi-Sequência Fasta-formatada contendo todas as sequências actualmente aberta (útil para o alinhamento multi-sequência (por exemplo, CLUSTAL) submissão) · recuperação automática de sequências não guardados em caso (esperançosamente rara) de deixar de funcionar. · Scrolling em seqüências e janelas Mapa gráfico usando a roda do mouse. · O usuário pode modificar a largura da janela do gráfico do mapa · O tamanho do fragmento seleccionado é agora apresentado no Mapa gráfico · Arraste e reposicionar os sítios de restrição e apresenta nomes no Mapa gráfico. · Clone de série agora tenta descobrir se um ficheiro de sequência degenerada está a ser aberta. · seqüências Import Vector NTI com as suas características. · Import macaco seqüências com as suas características. · Import Genbank Seqüências (a partir de um arquivo) com as suas características. · Vários atalho foram adicionados para as principais funções (importação, de sequência degenerada, etc.) · Use Alt-click para revelar comandos alternativos agora disponíveis na barra de ferramentas (nova sequência degenerada, importação, uso do site interativo). · Detecção automática da proxy da Internet usando as configurações do sistema (parece não funcionar se estiver usando um arquivo .PAC em MacOSX). · MacOSX: um proxy do Windows (pequeno ponto preto exibido na bola "fecho" vermelha "bola") é mostrada quando a sequência foi modificada e não foi salva. · Os nomes de sequência podem ser modificados diretamente na janela de sequência clicando duas vezes no nome ou usando um menu contextual disponível por Ctrl-Clicando (ou clicando com o botão direito) no nome da sequência. · Os parâmetros adicionais podem ser configurados na janela de preferência (gerenciamento de proxy da Internet, aviso ao importar arquivos cloner não seriais). · Menu contextual estendido na janela do mapa gráfico · Indicação de formato de sequência correta exibida na janela de sequência ao abrir uma sequência em um genbank, embl, ddbj, vnti, paixaware32 ou macaco. · Importação de sequências NCBI usando a janela de acesso da Web (e o botão de análise automática) foi melhorado · Alinhamento no NCBI usando o software Blast 2 Sequence é restabelecido. · Melhorar a importação de sequência que quase, mas não totalmente, respeite o layout das sequências do NCBI (usando o Windows Access Windows). · Alterar a interface da janela usada para anunciar a disponibilidade de uma nova versão. · Manuseio de certas enzimas de restrição do tipo IIS como xxxxx, -a, -b ou xxxxx, -a, + b. · Um acidente ocorrendo ao alterar o CW / CCW sem qualquer seleção feita no mapa gráfico. · um bug na PCR ocorrendo ao ampliar sequências muito longas (mais do que 32 k) · MacOSX: Um bug no comportamento da janela da gaveta da janela 'Gerenciar Restrição Enzimática'. · Um bug na seleção de fragmentos da janela 'Construir uma construção'. · Um bug raro no alinhamento local que estava excluindo uma parte da saída alinhada · Uma janela pop-up não é mais exibida indicando que a sequência foi bloqueada aparecida ao usar o comando 'Salvar como.' '. · O cálculo do% do nucleotídeo alinhado na janela de alinhamento local foi corrigido. · Um erro impedindo que o cloner serial importasse arquivos FASTA contendo caracteres acentuados no cabeçalho. · MacOSX: uma falha de interface nas gavetas 'encontrar' da janela de seqüência · Windows: Um problema com 'Comandos de colar' na janela Localizar. · Um bug ocorrendo quando de volta selecionando DNA do campo de tradução se o DNA foi traduzido do menos strand. · Um bug que afeta as enzimas de restrição degenerada na janela 'Construir uma construção'.

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