Clinefit. Adapta dados genotípicos para modelos de clínos de equilíbrio
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Clinefit. Descrição

Adapta dados genotípicos para modelos de clínos de equilíbrio Clinefit se encaixa dados genotípicos para modelos de clínos de equilíbrio desenvolvidos por Nick Barton. A CLINEFIT usa um algoritmo de verossimilhança máxima numérico (um método MCMC também conhecido como um algoritmo de Metropolis-Hastings AKA a uma caminhada aleatória tendenciosa) e retorna estimativas de máxima verossimilhança e limites de suporte de 2 unidades.ClineFit suporta dados genotípicos ligados a diplídeos, haplodiplóides ou sexuais usando o codominante Loci.ClineFit leva dados no meu próprio formato (muito parecido com o Biosys do Swofford) ou o formato Arlequin. CLINEFIT requer que a localização de cada amostra populacional seja um número, colocada como a última informação no nome da população.Clinefitt também requer que você identifique, como parte do nome de cada locus, os alelos que serão mais frequentes no lado direito do cline. Aqui estão algumas características principais de "Clinefit": Clines com 2, 4, 6 e 8 parâmetros de forma primária, incluindo: · Centro e Largura · 4 parâmetros descrevendo caudas de introgressão em ambos os lados do cline · 2 parâmetros que descrevem frequências de polimorfismos assintóticos em cada lado da clina, se não forem corrigidos. · Marcadores únicos ou múltiplos · Estimativas de desequilíbrio, a partir das quais as estimativas de dispersão e seleção são obtidas em modelos de 6 e 8 parâmetros · Modelos que omitem parâmetros de sua escolha, como a cauda de introgressão em um lado do cline · Modelos que omitem esses parâmetros para algumas características, mas não outros, sob seu controle · Modelos que combinam traços de parâmetros de maneiras que você controla. Por exemplo, você pode estimar um único centro para todos os traços ou um centro único para cada traço ou qualquer combinação entre.

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