Citoscape. Plataforma de software Bioinformatics de código aberto para visualizar redes de interação moleculares e vias biológicas
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Citoscape. Classificação e resumo

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Citoscape. Descrição

Plataforma de software de BioInformatics de código aberto para visualizar redes de interação moleculares e vias biológicas A cytoscape é uma plataforma de software BioInformatics de código aberto para visualizar redes de interação moleculares e vias biológicas e integrar essas redes com anotações, perfis de expressão gênica e outros dados do estado. Embora o citsocape foi originalmente projetado para pesquisa biológica, agora é uma plataforma geral para análise complexa de rede e visualização. A distribuição do núcleo da cytoscape fornece um conjunto básico de recursos para integração e visualização de dados. Recursos adicionais estão disponíveis como plugins. Os plugins estão disponíveis para análises de perfil de rede e moleculares, suporte a formato de arquivo adicional, scripts, novos layouts e conexão com bancos de dados.Plugins podem ser desenvolvidos por qualquer pessoa que use a API Open CyToscape baseado na tecnologia Java e no desenvolvimento da comunidade do Java é encorajada. Aqui estão algumas características principais de "citoscape": Suporta muitos padrões: · A citosca suporta muitos formatos padrão de rede e anotação, incluindo: SIF (formato de interação simples), GML, XGMML, Biopax, PSI-MI, SBML, OBO e ASSOCIAÇÃO GENE. Arquivos de texto delimitados e pasta de trabalho do MS Excel também são suportados e você pode importar arquivos de dados, como perfis de expressão ou anotações, geradas por outros aplicativos ou programas de planilha. Usando esse recurso, você pode carregar e salvar atributos arbitrários em nós, bordas e redes. Por exemplo, insira um conjunto de termos de anotação personalizados para suas proteínas, crie um conjunto de valores de confiança para suas interações proteína-proteína. Clientes de serviço da Web: · Cytoscape funciona como um cliente de serviço da Web. Isso significa que o citsocape pode conectar-se diretamente às bases de dados públicas externas e de dados de rede e anotação de importações. Atualmente, a Caminho Commons, intacta, Biomart, gene do NCBI Entrez e PICR são suportados. E continuamos a desenvolver novos clientes de serviços para bancos de dados populares. Interoperabilidade: · Como o cytoscape suporta formatos de arquivo padrão de importação / exportação, você pode facilmente colocar o cytoscape no seu fluxo de trabalho. Por exemplo, se você tiver um dado de rede gerado por IGRAFA ou BIOCONDUTOR, a cytoscape pode carregar o arquivo como uma tabela de texto e poderá exportá-lo no formato PSI-MI para outras ferramentas BioInformatics ou seus próprios programas / scripts. Arquivo de sessão: · Você pode salvar seu trabalho por um único clique. Todas as configurações, arquivos de dados e visualizações são embalados em um arquivo de sessão. É chamado de arquivo de sessão de citoscape (.cys). O arquivo de sessão de cystoscape inclui redes, atributos (para nó / borda / rede), estados de desktop (nós selecionados / ocultos e bordas, tamanhos de janela), propriedades, alguns estados de plugin e estilos visuais. Requisitos: · Java SE 5 ou mais tarde

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