Byodyn. Pacote de Software para a análise de paisagens de parâmetros em redes biológicas
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Byodyn. Classificação e resumo

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análise simular Simulação bioquímica análise de sistema Estude Grn. grn.

Byodyn. Descrição

Pacote de software para análise de paisagens de parâmetros em redes biológicas O BYOYNN foi projetado para fornecer uma estrutura computacional facilmente extensível para analisar e estimar parâmetros em modelos altamente não caracterizados. Byodyn usa arquivos de formato SBML para executar sistemas unicelulares ou um formato caseiro para modelos multicelulares. Um analisador baseado na Libsbml foi desenvolvido para construir o sistema de equações diferenciais (ODES) (ODES) (ODES) (ODES) (ODES) (ODES). Usa várias rotinas de Scipy para resolver o problema acima. Além disso, o pacote LSODA, é chamado por causa de sua capacidade de mudar automaticamente entre integradores rígidos e não duros quando necessário. Como uma possibilidade secundária (para fins históricos e de ensino) ByOdyn também pode fazer chamadas externas para a oitava para resolver os ODes.Finalmente, Byodyn usa várias funções para criar belas parcelas postais como trajetórias da concentração do nó ao longo do tempo para sistemas unicelulares e matrizes de células onde a concentração de nó estadual estável é mostrada por intensidade de cor. Aqui estão algumas características principais de "ByOdyn": · Executar simulações quantitativas de redes bioquímicas unicelulares ou multi-celulares · Executar análise da sensibilidade do sistema em relação aos parâmetros cinéticos do modelo · Estimar os valores numéricos dos parâmetros bioquímicos que correspondem a um determinado conjunto de dados experimentais ao longo do tempo para alguns dos nós do sistema · Use a teoria das informações para ajudar na criação de configurações experimentais ideais na biologia dos sistemas O que há de novo nesta versão: · Defina uma introdução no manual de referência de usuário com uma comparação de software. · Corrigido um pequeno bug na lenda de parcelas de matriz. Um sinal de menos foi introduzido erroneamente. · Valor definido pelo usuário do incremento do valor do parâmetro para análise de sensibilidade adicionada. · Resolvido problemas numéricos ao normalizar a sensibilidade para concentrações muito baixas. O valor, epsilon, pode ser definido pelo usuário. · Corrigido um bug na execução paralela do algoritmo hibridonefase. · Adicionado novas melhorias de estilo no tutorial e guia de início rápido. · Adicionado novas melhorias em estilo no guia de instalação. · Adicionado requisitos de amostragem Monte Carlo no Guia de Instalação. · Adicionado testes para amostragem de Monte Carlo. · Corrigido bug sobre rótulos de escala na análise do PCA. · Corrigido um bug para análise PCA quando o primeiro rótulo de cluster não é um. · Implementação de opções definidas pelo usuário para algoritmo PCA. · Os aglomerados de um elemento são contornados pelo plotter PCA. · Corrigido um bug sobre a faixa de Y no design experimental ideal gráficos de tempo único. · Defina detalhadamente quando um alvo é contornado no design experimental ideal porque já está presente no alvo original. · Corrigido um bug na etiqueta da legenda em figuras de espectros para o design experimental ideal global. · Adicionado histogramas para o design experimental ideal global para análise estatística. · Análise estatística para o design experimental ideal global concluído para alvos de classificação. · Análise estatística para o design experimental ideal global concluído para adicionar novo ponto. · Corrigido um bug na detecção convertida. · Corrigido um bug no teste de exportação. · Migração para o libsbml 4.0.0.

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