Biopython. Pacote de aplicativos e bibliotecas de bioinformatics gratuitos
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Biopython. Descrição

Pacote de aplicativos e bibliotecas gratuitos de Bioinformatics Python O Biopython é um esforço colaborativo distribuído para desenvolver aplicativos e bibliotecas gratuitos de Python, que abordam as necessidades de trabalho atual e futuro no Bioinformatics.biopython é um conjunto de bibliotóis para fornecer a capacidade de lidar com "coisas" de interesse para os biólogos trabalhando no computador. Em geral, isso significa que você precisará ter pelo menos alguma experiência de programação (em Python, é claro!) Ou pelo menos um interesse em aprender a programar. O trabalho de Biopython é facilitar o seu trabalho como programador fornecendo bibliotecas reutilizáveis para que você possa se concentrar em responder sua questão específica de interesse, em vez de se concentrar nos internais de analisar um formato de arquivo específico (claro, se você quiser ajudar Escrevendo um analisador que não existe e contribuindo para o Biopython, por favor, vá em frente!). Então o trabalho de Biopython é fazer você feliz! Aqui estão algumas características principais de "Biopython": · A capacidade de analisar arquivos Bioinformatics em estruturas de dados utilizáveis python · Os arquivos nos formatos suportados podem ser iterados sobre registro por registro ou indexados e acessados por meio de uma interface de dicionário. · Código para lidar com destinos de bioinformática on-line populares · Interfaces para programas comuns de bioinformática · Uma classe de seqüência padrão que lida com sequências, IDs em seqüências e recursos de seqüência. · Ferramentas para executar operações comuns em seqüências, como tradução, transcrição e cálculos de peso. · Código para executar a classificação de dados usando K Neighbors mais próximos, Bayes ingênuos ou máquinas de suporte de suporte. · Código para lidar com alinhamentos, incluindo uma maneira padrão de criar e lidar com matrizes de substituição. · Código facilitando a divisão de tarefas paralelizáveis em processos separados. · Programas baseados em GUI para fazer manipulações de seqüência básica, traduções, jateamento, etc. · Documentação extensa e ajuda com o uso dos módulos, incluindo este arquivo, documentação wiki on-line, o site e a lista de discussão. · Integração com o BIOSQL, um esquema de banco de dados de seqüência também suportado pelos projetos bioperl e biojava. Requisitos: · Python 2.3 ou posterior · NUMPY. O que há de novo nesta versão: · O trabalho de Tiago Antao no módulo de genética da população traz um invólucro de linha de comando para o Genepop, que permite a estimativa de estatísticas F-estatísticas, freqüências de alelo null e taxas de migração, bem como testes para isolamento por distância (IBD) e desvio do equilíbrio de Hardy-Weinberg. · Bio.Seqio e Bio.Alignio agora têm uma nova função convertida () que permite a conversão simples (e potencialmente otimizada) entre os formatos de arquivo. Bio.Seqio também recebe uma nova função de índice () que permite o acesso aleatório a sequências em um arquivo sem ler cada registro nesse arquivo na memória. · O novo lançamento também adiciona invólucros de linha de comando para as versões de relevo dos programas de filipe filogenia e o novo montador do Novacraft - Plus Squashes alguns pequenos bugs relatados desde que 1.51 foi lançado.

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