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Um programa Java amigável que alinha proteínas por sequência e estrutura 3D
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  • Freeware
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  • FREE
  • Nome do editor:
  • Christoph Gille
  • Site do editor:
  • http://www.charite.de/bioinf/strap
  • Sistemas operacionais:
  • Mac OS X
  • Tamanho do arquivo:
  • 2.9 MB

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ALÇA Descrição

Um programa Java amigável que alinha proteínas por seqüência e estrutura 3D A pulseira é um programa de plataforma cruzada que suporta a análise simultânea de centenas de proteínas e integra sequência de aminoácidos, estrutura 3d e seqüência genômica e mRNA e mRNA, estrutura secundária e anotação de resíduos. O alinhamento pode ser exportado e modificado na palavra MS Ou outros processadores de texto O tutorial incluído ensinará o uso de cinta em apenas uma hora. A scriptability e a extensibilidade fazem cinta uma ferramenta muito poderosa para até mesmo os usuários mais avançados. Aqui estão algumas características principais da "cinta": · Computação de alinhamentos de sequência · Computação do Wiki: 3D-superposições (saída de exemplo) e estrutura baseada em vários alinhamentos de proteínas com o PubMed: TM-Align ou CE ou Gangsta + 3D-Superposição. Alinhamentos combinados de estrutura de sequência. · Visualização 3D usando Wiki: Pymol ou Wiki: JMOL ou Rasmol e VMD. Em preparação: Yasara destacando mutações, wiki: SNPS, Wiki: limites ou regiões de exon-intron com alta conservação de seqüência em 3D. Seleção cruzada instantânea entre objetos 3D, seqüências e alinhamentos · Wiki: Busca de explosão incluindo "alerta de explosão" · Previsão: Wiki: Hélice Transmembrana, Wiki: Estruturas secundárias e Wiki: bobina coiled · Tradução de sequências nucleotídicas para sequências de aminoácidos. Saída de alinhamentos de aminoácidos como alinhamentos de nucleótidos. · Formatos de arquivo de proteína: Wiki: SwissProt, Wiki: PDB, Wiki: FASTA, MSF, Biowiki: Estocolmo, Wiki: Clustalw, Wiki: Nexus, HSSP Wiki: Genbank, Embl · Árvores filogenéticas com ATV, Wiki: Jalview e Genebee · Anotações de resíduos e anotações nucleótidos Realce Wiki: Expressões Regulares (isto é, Padrões Prosite) usando Wiki: Pesquisa Incremental e Wiki: Recursos da Sequência do Wiki: DAS Servidores: Ajustando alinhamentos complicados seqüência devido à baixa semelhança de seqüência por: · Superposição 3D de átomos C-alfa usando CE e Alinhamento de TM para destacar resíduos equivalentes espaciais · Dotplot. · Seqüências intermediárias · Alinhamentos de seqüência mista e alinhamentos de estrutura de proteína · Wiki: plugins são extensões para alça de desenvolvedores de terceiros. Requisitos: · Java. · Compiladores para Objective-C e Fortran


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