Patvisio. facilmente exibir e editar vias biológicas
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Patvisio. Descrição

Facilmente exibir e editar vias biológicas PathVisio é um aplicativo para exibir e editar vias biológicas. Em um sentido que o PathVisio permite desenhar vias como você faria em qualquer programa de desenho, como PowerPoint ou Photoshop. Mas a diferença é que o PathVisio pode entender o contexto biológico de um caminho, porque você pode vincular entidades biológicas (genes ou proteínas) em seus caminhos para dados biológicos usando identificadores de banco de dados. Isso permitirá que você mapeia dados experimentais (por exemplo, dados de microarray) e visualizar no topo do desenho do caminho. Nota: Os dados experimentais de mapeamento ainda não são uma característica do PathVisio 1.1, mas você pode fazer isso em combinação com o GenMapp ou com plug-ins adicionais para PathVisio). Aqui estão algumas características principais de "patvisio": Criando um novo caminho: · Crie um novo caminho pressionando Ctrl + N ou selecionando Arquivo> Novo. Uma área de desenho em branco será aberta onde você pode começar a editar o caminho. Para salvar um caminho, clique em Ctrl + S ou Selecionar Arquivo> Salvar. Abrindo um caminho existente: · Abra um arquivo de caminho existente pressionando Ctrl + O ou selecionando Arquivo> Aberto. Um navegador de arquivos será aberto onde você pode navegar para o arquivo de caminho desejado. Procurando por caminhos: PathVisio permite procurar caminhos que contenham um determinado produto genético. Você pode pesquisar caminhos de duas maneiras: · Símbolo genético (nome do gene) · Identificador de genes (conforme definido no banco de dados sinônimo) Pesquisa por símbolo do gene: · Este método procura por todas as vias contendo um ou mais produtos genéticos para os quais o símbolo genético contém o texto de pesquisa especificado. Para encontrar apenas produtos genéticos onde o símbolo corresponde exatamente ao texto de pesquisa, adicione "" antes e depois do texto (por exemplo, "TP53" para pesquisar correspondências exatas de "TP53"). · Para iniciar a pesquisa, vá para a guia Pesquisa de Pathway no painel lateral ou selecione Editar> Caminhos de pesquisa. Na interface de pesquisa, escolha Símbolo na lista suspensa Pesquisar por. · Digite o símbolo do gene que você deseja pesquisar no campo de texto do símbolo. · Escolha o diretório que você deseja pesquisar (subdiantes serão incluídos) usando o botão Browse. · Clique no botão Pesquisar para iniciar a pesquisa. Pesquisa por Gene Identifier: · Este método procura por todas as vias contendo um ou mais produtos genéticos que correspondam ao identificador dado. Produtos genéticos que estão vinculados via referências cruzadas no banco de dados sinônimo também estão incluídos. · Para iniciar a pesquisa, vá para a guia Pesquisar no painel lateral ou selecione Editar> Caminhos de pesquisa. Na interface de pesquisa, escolha ID na lista suspensa Pesquisar por. · Digite o identificador genético que você deseja pesquisar no campo de texto ID. · Escolha o sistema de banco de dados que o ID pertence (também veja o link para bancos de dados). · Escolha o diretório que contém os arquivos do caminho que você deseja pesquisar (subdiantes serão incluídos) usando o botão Browse. · Clique no botão Pesquisar para iniciar a pesquisa. Resultados da pesquisa de navegação: · Os resultados da pesquisa serão exibidos no painel lateral. A tabela de resultados mostra vias que possuem um ou mais produtos genéticos que correspondem ao símbolo ou identificador pesquisado. Se você clicar duas vezes em um caminho na tabela, o PathVisio abrirá este caminho e destacará os produtos genéticos relevantes com um contorno verde. Você pode desativar esse realce por partidas de destaque não verificador. Requisitos: · Java 2 Edição Standard Runtime Ambiente O que há de novo nesta versão: · Algoritmo melhorado para conectores automáticos que apontam para uma âncora. · Melhor desenho de tipos de seta que têm uma curta "lacuna" no final. · Porque o serviço de freemail de Thawte foi cancelado, atualizamos nosso certificado de segurança · O visualizador de histórico de via de via teve um bug onde cada linha foi considerada modificada, mesmo que não fosse. Isso foi corrigido.

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