Pacote Staden. Staden Package é um conjunto totalmente desenvolvido de montagem de seqüência de DNA, ferramentas de edição e análise.
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Pacote Staden. Classificação e resumo

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analisador de dados seqüência conjunto DNA. Seqüência de DNA. Conjunto de sequência.

Pacote Staden. Descrição

Staden Package é um conjunto totalmente desenvolvido de montagem de seqüência de DNA, ferramentas de edição e análise. Staden Package é um conjunto totalmente desenvolvido de montagem de seqüência de DNA (GAP4), ferramentas de edição e análise (Spin) para UNIX, Linux, MacOSX e MS Windows.on A parte frontal Gap4 tem havido vários pequenos unirem-se relacionados, em como ele pontua no local. Junções internas e funcionalidade do botão Align no Editor de junção.Além de conseqüência para a GAP4 são as várias alterações em io_lib (thelibrary para todos os E / S para vários formatos de arquivo de rastreio). Com o adição de um novo programa Hash_Exp, ele agora permite que os arquivos experimentais sejam enganados juntos e indexados. A lista de Experimentos Arquivo NamessHould STIL Ser fornecido para Gap4, mas desde que o ambiente exp_pathVerável tenha sido definido corretamente, o Gap4 será capaz de buscar adesivos para fora do experimento concatenado FileSearncive. Melhorias para a interface do usuário para que isso ainda seja necessário Bemade.454 Os arquivos SFF agora são melhor suportados. O Defsult 454 IndicesNow funciona, embora o programa Hash_SFF possa ser usado para fornecer uma estratégia de indexação analternativa (possivelmente mais rápido em alguns casos) .gap4 e TREV também têm outro estilo de exibição de rastreio para traços que haviam 1 scan de amostra (x4 canais) por chamada base. Nesse caso, ele pode desenhar 4 valores de confiança em vez de 1 por base. Essas habilidades permitem uma melhor integração de vestígios Solexa quando mais readlizilableable.Pus, é claro, a mistura usual de correções de bugs e pequenos ajustes. Consulte o Thefull Alterar log para detalhes (através do site SourceForge) .Outras mudanças notáveisGap4 · várias melhorias de candidatos SNP. O "Deslocamento de correlação" é agora ajustável (isso controla a pontuação média de correlação necessária antes que grupos sejam considerados para mesclagem automática). A SNP Base chama agora funciona gerando um consenso em vez de exigir 100% de identidade. Agora pula sequências contendo uma nota de refs. A mesclagem pode ser forçada até que o número de grupos seja menor ou igual a um valor predeterminado (NB: não é geralmente ideal). · Os shuffle pads agora têm um parâmetro "tamanho da banda" para os alinhamentos. Também bug fixo em vários lugares. · O antigo comando do editor de editor foi substituído por almofadas de tira. Agora só remove colunas inteiras de almofadas e não há movimento de almofada. · O botão ALINE O editor Align agora lidará melhor com o manuseio de longos alinhamentos em dados repetidos, esperamos evitar o "uso demais para o uso prático da programação dinâmica" em tal casos. Também agora tem "botões de cada lado do botão" Alinhar ". Estes ancoram uma extremidade do alinhamento para a posição de sobreposição atual e, em seguida, apenas se alinhar a partir desse ponto para a direita ou para a direita. Isso ajuda a forçar um alinhamento a ancorar em um local específico que é útil ao alinhar dados consistindo em vários elementos de repetição. · Alinhamentos encontrados pela localização interna agora levam em conta a pontuação de alinhamento, além da identidade de alinhamento. Isso significa que não um mais uma sobreposição de 100BP a 100% de identidade será considerada como uma sobreposição melhor do que uma sobreposição de 2KB em 99% de identidade. · A janela de navegação Contig agora tem página para cima e para baixo da página para a partida anterior e próxima. Também tem a capacidade de exibir automaticamente traços nas regiões apropriadas usando a funcionalidade de "exibição automática" de exibição automática ". · A janela" Visualização da lista "agora tem um botão salvar.Io_lib · Novos programas: hash_exp, hash_sff, append_sff, extract_fastq . · Adicionado variáveis de ambiente trace_path e exp_path para usar em preferência a Rawdata (quando definido). · Agora usa libcurl em vez de wget para atrapalhar-se muito mais rápido baseado na web.

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