Ir :: AnotationProvider :: AnotationParser Go :: AnotationProvider :: AnotationParser é um módulo Perl que pode analisar um arquivo de anotação genético.
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Ir :: AnotationProvider :: AnotationParser Classificação e resumo

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Módulo Perl. analisador anotação gene anotação genética Annotation Parser.

Ir :: AnotationProvider :: AnotationParser Descrição

GO :: AnotationProvider :: AnotationParser é um módulo Perl que pode analisar um arquivo de anotação genético. GO :: AnotationProvider :: AnotationParser é um módulo Perl que pode analisar um Gene Anotation File.synopsisgo :: AnotationProvider :: AnotationParser - Lê um arquivo de associações genéticas do gene ontologia e fornece métodos pelos quais recuperar as anotações para a entidade anotada . Nota, é insensível no caso, com algumas advertências - veja a documentação abaixo. Meu $ AnotationParser = GO :: AnotationProvider :: AnotationParser-> Novo (AnotationFile => "Dados / Gene_Association.sgd"); meu $ genename = "aat2"; Imprimir "Go Associações para Gene:", junte ("", $ anotationParser-> GoidsbyName (nome => $ genename, aspecto => 'p')), "n"; Imprimir "ID do banco de dados para gene:", $ AnnotationParser-> DatabaseDByName ($ Genename), "N"; Imprimir "Nome do banco de dados:", $ AnnotationParser-> DatabaseName (), "N"; Imprimir "Nome padrão para Gene:", $ AnnotationParser-> StandardNameNameName ($ genename), "N"; meu $ i; Meus @Genenames = $ AnnotationParser-> AllandardNames (); foreach $ i (0..10) {Print "$ Genenames n"; } GO :: AnotationProvider :: AnotationParser é uma subclasse concreta de GO :: AnotationProvider, e cria um mapeamento de estrutura de dados nomes de genes para ir anotações analisando um arquivo de anotações fornecidos pelo Gene Ontology Consortium.Este pacote fornece métodos de objeto para recuperar Anotações que foram analisadas de um arquivo 'Gene Associations', fornecidas pelo consórcio do gene ontology. O formato para o arquivo é: linhas começando com um '!' personagem são linhas de comentário. Conteúdo da cardinalidade da coluna -------------------------------------------- ------------------------------- 01 abreviação de banco de dados para a fonte de anotação (por exemplo, SGD) 11 Identificador de banco de dados do Entidade anotada 21 Nome padrão da entidade anotada 30,1 não (se um gene for especificamente não anotado ao termo) 41 goid da anotação 51, n referência (s) para a anotação 61 código de evidência para o Anotação 70, N com ou de (um pouco misterioso) 81 aspecto da anotação (C, F, P) 90,1 Nome do produto que está sendo anotado 100, N alias (ES) do produto anotado 111 Tipo de entidade anotada (um dos genes, transcript, proteína) 121,2 ID taxonômica da codificação do organismo e / ou utilizando o produto 131 Data de anotação YYYYMMDD 141 Atribuído_by: O banco de dados que fez os anotationcolumns são separados por guias. Para essas entradas com uma cardinalidade maior que 1, várias entradas são o tubo, |, Delimited.further Detalhes podem ser encontrados em: http: //www.genontology.org/doc/go.annotation.html#FileThe seguindo as suposições sobre o arquivo são feitos (e devem ser verdadeiros): 1. Todos os aliases aparecem para todas as entradas de um determinado produto anotado 2. Os identificadores de banco de dados são únicos, na medida em que duas entidades diferentes não podem ter o mesmo ID de banco de dados. Requisitos: · Perl.

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