Genomorama: visualização do genoma Genomorama: O Genoma Visualização é um programa de visualização multi-escala, multi-genoma, multi-plataforma e análise.
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Genomorama: O Genoma Visualização é um programa de visualização multi-escala, multi-genoma, multi-plataforma e análise. Genomorama: O Genoma Visualização é um programa de visualização multi-escala, multi-genoma, multi-plataforma e análise. Ele fornece uma interface poderosa e fácil de usar que aproveita a potência de visualização de computadores modernos (via OpenGL) e a substancial infraestrutura bioinformática fornecida pelo NCBI (através do NCBI C Toolkit). O Genomorama é escrito em C ++ portátil, altamente otimizado e vem em três "sabores" que permitem correr nativamente sobre (mais) sistemas operacionais modernos: OS X (usando carbono), Microsoft Windows (usando MFC) e Linux (usando Motif) . Executáveis e código-fonte são fornecidos livremente para todos os sabores.Aqui são alguns recursos principais de "Genomorama Genome Visualization": · Alto desempenho não foi sacrificado no altar de portabilidade · Opengl gráficos Aproveite as placas gráficas otimizadas do jogo de vídeo disponíveis em a maioria dos computadores de desktop e laptop. · C ++ permite uma utilização transparente e completa dos recursos do sistema (como memória) · Toolkits de janela nativa (carbono, mfc e motivo) para todos os sistemas operacionais facilitam a capacidade de resposta e a facilidade de uso. · Um autônomo -Contanence o executável libera genomorama da dependência de aplicativos de terceiros. · O código-fonte para todas as plataformas está disponível gratuitamente. · Uma interface de usuário atraente e completa · Genomorama apresenta uma interface de usuário limpa e organizada. · Renderização multicalcão exibe detalhes relevantes legibilidade · Use um teclado ou um mouse para ampliar eficientemente zoom, pan e explore genomas de tamanho arbitrário. · Atraente Wysiwyg PostScript e Gif Coloque os formatos rendem imagens de qualidade de publicação. · Novas características para ajudar a análise do genoma · Além das opções de busca padrão (como consulta por seqüência e nome do gene), o Genomorama oferece pesquisas "encaminhadas e reversas" de DNA. · Fornecer um par de primers de PCR, e o genomorama produzirá as amplicons. · Proporcionar uma sonda de hibridação e genomorama encontrará locais de ligação. · Fornecer um par de sondas de cadeado e genomorama identificará locais de ligação · Fornecer um conjunto de critérios de primer de PCR (comprimento, temperatura de fusão, composição básica, etc.) e genomorama encontrará PCR Primers. · Genomorama pode exibir e pesquisar um número arbitrário de genomas (limitada apenas pela memória do computador). · Arnês da energia do NCBI Toolkit para acessar diretamente e pesquisar o banco de dados NCBI Entrez. · Computação de perfil de fundição, além da composição básica tradicional Terrenos (ie% g + C,% a + T, etc). O que é novo nesta versão: · Esta versão corrige os seguintes bugs: analisando os arquivos GBK que contêm anotas de base única na cadeia de complemento; · Fósforos exatos perdidos em 3 'final da sequência alvo; · Análise frágil da gama de anotação; · Download de registros genbank muito grandes (isto é, cromossomos humanos); · E omitido espaço intergênico após anotações de base única (isto é, SNPS). · Registros de cores personalizados agora são salvos e lidos nos arquivos GBK. · Um executável específico da OS X Intel foi adicionado. · A caixa de diálogo Informações foi revelada.

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