Bio :: Ferramentas :: Executar :: Análise

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  • Martin Senger
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Bio :: Ferramentas :: Executar :: Análise é um módulo Perl representando qualquer ferramenta de análise (remota ou local). Bio :: Ferramentas :: Executar :: Analysis é um módulo Perl representando qualquer ferramenta de análise (remota ou local ).synopsis # executar análise 'seqret' usando um local padrão e um método de acesso # padrão (o que significa usar um serviço da web em EBI ) Use Bio :: Tools :: Executar :: Análise; Imprimir New Bio :: Ferramentas :: Executar :: Análise (-Name => 'Edit :: seqret') -> wait_for ({seqüencio_direct_data => 'tatatacgtatacga', osformat => 'EMBL'}) -> resultado ('outseq '); # Execute um trabalho mais longo sem esperar por sua conclusão Use Bio :: Tools :: Executar :: Análise; My $ job = New Bio :: Ferramentas :: Executar :: Análise (-Name => 'Edit :: seqret') -> Executar ({seqüencio_direct_data => 'tatatacgtatacga', osformat => 'EMBL'}); # ... e depois de um tempo de $ job-> Resultado ('OutSEQ'); # Obtenha todos os resultados na mesma invocação (como referência de hash # com nomes de resultado como chaves) - Deixe o módulo decidir quais # resultados são binários (imagens neste exemplos) e salvar esses # em arquivo (ou arquivos); Também mostra como dizer que o módulo # deve ler dados de entrada de um arquivo local primeiro usar Bio :: Tools :: Executar :: Análise; Meus $ Resultados = Nova Bio :: Ferramentas :: Executar :: Análise (-Name => 'Alinhamento_Multiple :: prettyplot') -> wait_for ({msf_direct_data => '@ / home / testdata / my.seq'}) -> resultados ('?'); Use dados :: dumper; Imprimir dumper ($ Resultados); # Obter nomes, tipos de todas as entradas e resultados, # Obtenha o serviço curto e detalhado (na XML) Descrição Use Bio :: Ferramentas :: Executar :: Análise; Meu $ Service = New Bio :: Ferramentas :: Executar :: Análise (-Name => 'EDIT :: seqret'); meu $ hash1 = $ Service-> input_spec; meu $ hash2 = $ service-> result_spec; Meu $ HASH3 = $ Service-> Analysis_Spec; Meu $ XML = $ Service-> descreve; # Obter o status de trabalho atual Use Bio :: Ferramentas :: Executar :: Análise; Imprimir New Bio :: Ferramentas :: Executar :: Análise (-Name => 'Edit :: Seqret') -> Executar ({# ... Dados de entrada ...}) -> status; # Execute um trabalho e imprima seu ID de trabalho, mantenha o trabalho UN-DROP DESTRUIDADO Bio :: Ferramentas :: Executar :: Análise; Meu $ job = New Bio :: Ferramentas :: Executar :: Análise (-Name => 'edit :: seqret', -destroy_on_exit => 0) -> Executar ({Sequence_direct_data => '@ / home / testdata / mzef. SEQ '}); Imprimir $ Job-> ID. "N"; # ... Imprime (por exemplo): # Edit :: Seqret / C8EF56: EF535489C: -7FF4 # ... Em outro planeta, você pode dizer usar Bio :: Tools :: Executar :: Análise; Meus $ job = New Bio :: Ferramentas :: Executar :: Job (-Name => 'Edit :: seqret', -id => 'edit :: seqret / c8ef56: EF535489C: -7FF4'); Print Junte ("N", $ job-> status ", concluído: '. $ job-> terminou (1), # (1) significa' horário formatado '' tempo decorrido: '. $ job-> job- > Last_Event, $ job-> Resultado ('OutSEQ')); # ... ou você pode obter o mesmo módulo de manutenção # Bio :: Ferramentas :: Executar :: Análise :: Job Invisible Use Bio :: Ferramentas :: Run :: Análise; My $ job = New Bio :: Ferramentas :: Executar :: Análise (-Name => 'Edit :: Seqret') -> Create_Job ('Edit :: Seqret / C8EF56: EF535489C: -7FF4'); Print Junte ("n", $ job-> status, # ...); # ... e mais tarde você pode liberar este trabalho de funções de trabalho $ trabalho-> Remover; # # --- Veja a descrição para usar o gerador 'applmaker.pl': # Requisitos: · Perl.


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