taxtástico Criar e manter pacotes de referência filogenéticos de sequências biológicas
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Taxtastic é o módulo Python usado para construir e manter pacotes de referência - ou seja, coleções de árvores de referência, alinhamentos de referência, perfis e informações taxonômicas associadas .- QuickStart-Full DocumentationA script denominado Taxit fornece uma interface de linha de comando:%. Taxit.pyc {Info, Rollback, Ajuda, Criar, Atualizar, New_Database, Reroot, Taxídios, Strip, Add_Nodes, Rollforward, Check, Triptable} ... criação , validação e modificação de pacotes de referência para uso com "software relacionado" e software relacionado. Argumentos posicionais: {Info, Rollback, Ajuda, Criar, Atualizar, New_Database, Roloot, Taxídios, Tira, Add_Nodes, Rollforward, Check, Triptable} Ajuda detalhada Ajuda para ações usando `Ajuda 'Add_Nodes Adicionar novos nós a um banco de dados contendo uma taxonomia. Verifique taxtastic / subcomands / Check.py Execute uma série de verificações mais profundas em um REFPKG. Este subcomando é um invólucro ao redor do método RefPKG IS_ill_formed. Info Mostrar informações sobre pacotes de referência. Criar um pacote de referência New_Database Cria um arquivo CSV Descrevendo linhagens para um conjunto de taxonomicamente taxonomicamente Reroots Uma atualização do pacote de referência Adiciona ou atualiza arquivos ou MetData em um REFPKG. O subcomando de atualização leva um REFPKG para operar, em seguida, uma série de alterações para fazer, expressas como teclas = arquivo. Então, para adicionar um arquivo ../Outrodiri/boris sob a chave 'Meep' e ABCD sob a chave 'Hilda' em um Refpkg 'My- Refpkg', você executará $ Tripect Atualizar My-Refpkg Meep = .. / Otherdir / Otherdir / Boris Hilda = ABCD Se um arquivo já existir sob uma determinada chave, ele será sobrescrito. Passando a atualização do imposto A opção --Metadata faz com que ele atualize os metadados em vez de arquivos. Por exemplo, para definir o campo do autor para "Genghis Khan" e a versão para 0.4.3, execute $ Triple Update --Metadata "Autor = Genghis Khan" Versão = 0.4.3 Os taxídeos procuram um conjunto de impostos de imposto taxativa de taxonômicos Cria um arquivo CSV descrevendo linhagens para um conjunto de títulos de táxons remove todas as informações e arquivos de rollfackward e arquivos não fixados ao estado atual de um REFPKG. $ TIP Tira My-RefPKG Rollback Rollback Um REFPKG para desfazer o comando anterior. $ táxi Rollback My-RefPKG Você também pode especificar -n # para especificar o número de operações para reverter (padrões para 1), como na Rollback de $ Trius -n 3 My-RefPKG rollforward rollforward um comando de volta rolado em um REFPKG. $ Tipo Rollforward My-RefPKG Você também pode especificar -n # para especificar o número de operações para rolar (padrões para 1), como em $ táxi rollforward -n 3 my- REFPKGOPTIONAL Argumentos: -H, --help Mostre esta ajuda Mensagem e saída -V, --version Imprima o número da versão e sair -v, - verbose aumento da verbosidade da saída da tela (por exemplo, -V é verbose, -VV mais) -q, --quiet suprimem a produção: suprimir PYC página inicial do produto

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