 | pyfasta.acesso pythônico a arquivos de sequência FASTA |
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pyfasta. Classificação e resumo
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- brentp
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pyfasta. Tag
pyfasta. Descrição
Acesso pythônico a arquivos de sequência FASTA PyFastA é uma biblioteca que oferece acesso pythônico a Fasta Sequence Files.Usage: .. SourceCode :: Python >>> de Pyfasta Import Fasta >>> f = FASTA ('testes / dados / three_chrs.faste') >>> classificados (f.keys ()) >>> f Fastagz ('testes / dados / three_chrs.fasta.gz', 0..80) >>> f 'ActGactgac' # O índice armazena o início e a parada de cada cabeçalho da Teh Fasta File >>> f.index {'Chr3': (160, 3760), 'Chr2': (80, 160), 'Chr1': (0, 80 )} # pode consultar por um dicionário de 'recurso' >>> f.sequence ({'chr': 'chr1', 'start': 2, 'pare': 9}) 'ctgactga' # com complemento reverso para - Strand >>> F.sequence ({'Chr': 'Chr1', 'Start': 2, 'Stop': 9, 'Strand': '-'}) 'tcagtcag' # cria um .gz e um picles .gdx do FASTA e do índice. >>> Importar OS >>> classificado (os.listdir ('testes / dados /')) # Limpeza (embora para uso real estes permanecerão para acesso mais rápido) >>> OS.Unlink ('testes / dados / three_chrs.fasta.gdx') >>> OS.Unlink ('testes / dados / three_chrs.faste.gz') Requisitos: · Pitão O que há de novo nesta versão: · Não re-achatar o arquivo toda vez! · Permitir espaços antes e depois do cabeçalho no FASTA ORGINAL.
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