nebseq. Manipulações básicas de sequência biológica
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Biblioteca Python. manipulador seqüência biológico seqüência biológica Manipulações de sequência

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Manipulações básicas da sequência biológica O Nebseq é um módulo Python para manipulações básicas de sequência biológica.Import como usual >>> Importação NebseqReverse Complementos A única nota Aqui é que a Revcomp não verifica a sequência de entrada para ver se ela se parece com o DNA ou RNA. >>> nebseq.revcomp ('ACGT') 'ACGT' >>> Nebseq.Revcomp ('TTACC') 'ggtaa'and Se nós dermos lixo, apenas nos dá lixo. >>> nebseq.revcomp ('ZQ') 'QZ'TranslationA a função de tradução deve permitir suporte total de tradução de seqüência. Isso inclui coisas como aparar as primeiras bases e usando tabelas alternativas de tradução. Há também suporte para as modificações mais esotéricas post translacionais que podem ser encontradas em alguns arquivos genbank, além de traduzir peptídeos parciais (para coisas como coordenadas fuzzy). Basic tradução: >>> nebseq.translate ('TTGGCCAGAACGA', Table = 11 ) 'Criador de efeitos de uma tradução parcial de peptídeos. Por padrão, o primeiro códon deve ser um códon inicial de acordo com a tabela de tradução selecionada, se não, então, é convertido em um 'x' >>> nebseq.translate ('gccaag') 'xk' >>> nebseq.translate ('GCCAAG ', parcial = true)' Ak'or podemos remover as primeiras cascas de bases para coordenadas difusas. >>> Nebseq.Translate ('TTGCCAAG', Iniciar = 2, Partial = True) 'AK'Modificações são especificadas como um (índice, amino_acid) duas tupla. Observe que os índices de modificação são especificados como índices baseados em uma sequência de aminoácidos. >>> Nebseq.Translate ('ATGAAGAGAA', Modificações = ) 'Mee'ExtractionSeSe Extração é para quando você quer cortar parte de uma seqüência maior. Isso é útil se você usar o módulo NebGB e sua definição de locais analisados de strings como junção (1..5,9..100). >>> Localização = {'Type': 'Span', 'De': 4 ':': 10} >>> Nebseq.Extract ('Accgtaccatagtt', localização) ('GTAccat', (Falso, Falso)) >>> Localização = {... "Tipo": "complemento", ... "Segmento": {... "Tipo": "Junte", ... "segmentos": ... } ...} >>> Nebseq.Extract ('Accctatttcgggacat', localização) ('CCCCGAATACG', (Falso, Falso)) Requisitos: · Pitão

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