mpiblast. Mpiblast é uma implementação paralela baseada em MPI da explosão NCBI.
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mpiblast. Classificação e resumo

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paralelo MPI. Implementação MPI. Blast NCBI. implementação paralela mpiblast.

mpiblast. Descrição

Mpiblast é uma implementação paralela baseada em MPI da explosão NCBI. Mpiblast é uma implementação paralela baseada em MPI da explosão NCBI. O projeto consiste em um par de programas que substituem FormatDB e Blastall com versões que executam trabalhos de explosão em paralelo em um cluster de computadores com MPI instalados. Existem duas vantagens primárias para usar o MPIblast versus o blast.first tradicional, Mpiblast divide o banco de dados em cada nó no cluster. Como o segmento de cada nó do banco de dados é menor, geralmente pode residir no cache de buffer, produzindo uma velocidade significativa devido à eliminação da E / S de disco. Em segundo lugar, permite que os usuários de explosão aproveitem os clusters de Beowulf eficientes e de baixo custo porque as demandas de comunicação interprocessador são baixos. Mpiblast atinge a velocidade super linear em situações em que o banco de dados é muito grande para se encaixar em RAM, e perto de velocidade linear em outras situações . Não requer um cluster dedicado.Requirements: · Mpiblast requer que uma implementação MPI esteja instalada. Duas implementações gratuitas são: · Mpich - http://www-unix.mcs.anl.gov/mpi/ · LAM / MPI - http://www.lam-mpi.org · Em suas configurações mais comuns, o MPIBLAST também requer que os computadores têm algum diretório de armazenamento compartilhado. Isso pode ser um Monte NFS, Samba Share, AFS ou qualquer outro tipo de sistema de arquivos de rede compartilhada. A localização do diretório compartilhado deve ser especificada no arquivo de configuração ~ / .ncbirc. · Para construir o mpiblast da origem, você também precisará compilar uma versão correspondente da caixa de ferramentas NCBI, disponível em ftp://ftp.ncbi.nih.gov/toolbox/ncbi_tools/limitations:· Um máximo de 250 fragmentos de banco de dados podem ser criados Por MpiformAdB na maioria dos sistemas · minúsculas diferenças no valor eletrônico entre o NCBI Blast e o Mpiblast podem existir devido à instabilidade numérica no processamento de resultados. A maioria dos resultados não é afetada. O que é novo em 1.4.0-Pio Release Stable: · Esta versão adiciona em paralelo I / O.O que é novo em 1.5.0 Beta 1 de desenvolvimento de desenvolvimento: · Aprimoramentos e bugs sortidos. · Dependências atualizadas no kit de ferramentas NCBI.

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