marcador Tracer é um programa para analisar os arquivos de rastreio gerados por corridas Bayesian MCMC.
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FERA analisador de rastreamento Bayesian McMC. Analisador Bayesiano Lamarc Mrbayes.

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O TRACER é um programa para analisar os arquivos de rastreio gerados por corridas Bayesian MCMC. O Tracer é um programa para analisar os arquivos de rastreio gerados por corridas Bayesian MCMC (ou seja, os valores de parâmetros contínuos amostrados da corrente). O projeto pode ser usado para analisar corridas de besta, Lamarc, Mrbayes e possivelmente outros programas MCMC.Although, o traçador pode ser usado com programas que não sejam besta, os usuários são fortemente aconselhados a participar da lista de discussão de besta. Isso será usado para anunciar novas versões e aconselhar usuários sobre bugs e problemas. Você pode participar da lista de discussão aqui: http: //groups.google.com/group/beast-users O site para besta (e traçador) está aqui: http : //Beast.bio.ed.ac.uk/at Presente Não há manual detalhado para esta aplicação, você simplesmente terá que brincar e ver o que acontece. Basicamente, você pode selecionar o arquivo de rastreamento no canto superior esquerdo da janela, o parâmetro individual na parte inferior esquerda e a análise aparece à direita. Existem 4 guias de análise para escolher: · Estimativas - Isso mostra a média, STDEV, confiança intervalos e outras estatísticas sobre o parâmetro selecionado. Uma distribuição de frequência também será plotada. · Densidade - Isto mostra o bayesian posterior densidade plot para o parâmetro selecionado. · Joint-Marginal - Isso aparece apenas se exatamente 2 parâmetros são escolhidos (mantenha pressionado a mudança para selecionar vários parâmetros). Em seguida, trove um contra o outro para olhar para sua distribuição articulada. · Trace - Isso mostra o traço do parâmetro contra o número do estado ou da geração. Use isso para verificar a mistura, escolha uma queimadura adequada e procure tendências que possam sugerir problemas com os parâmetros do Convergence.Multiple podem ser selecionados pressionando a tecla Shift. Isso vai sobrepor as parcelas para os diferentes parâmetros que permitem que comparações sejam feitas. Você também pode selecionar vários arquivos de rastreamento também para comparar diferentes execuções. Se vários arquivos de rastreamento tiverem os mesmos nomes de rastreio, um traço "combinado" aparecerá automaticamente. Isso pode ser selecionado, bem como os arquivos de rastreamento individuais. Você também pode selecionar a "análise demográfica" no menu Análise - este trama a distribuição de tamanhos de população demográfica ao longo do tempo para vários modelos (tamanho constante, crescimento exponencial e crescimento logístico e crescimento ) que estão disponíveis na besta. Isso envolve você selecionando os traços para cada parâmetro do modelo. Você só deve selecionar o modelo que foi realmente executado sob besta (por exemplo, se você executar um modelo de crescimento exponencial, você não deve traçar o modelo de tamanho populacional constante). O menu "Análise" também contém opções para realizar reconstruções do horizonte Bayesian e para Calculando fatores de Bayes entre as execuções. A função "Impressão" no menu "Arquivo" imprimirá o gráfico ou a tabela atual e a função "Dados de exportação" poderão ser usadas para exportar os dados das parcelas para uso em outro pacote gráfico. A função gráfica exibida atualmente a função "Exportar PDF" no menu "Arquivo ".Requirements: · Java Runtime Environment (JRE) 1.5 ou depois do novo nesta versão: novos recursos: · Distribuições de sobreposição de diferentes arquivos e estatísticas · Mais controle Plotagem · Exportação de gráficos como PDFs e dados brutos da maioria dos pontos de vista · Cálculo de factores de Bayes para comparar corridas com diferentes modelos · Overlay Demographics Reconstructions, incluindo parcelas de horizontal · Pontos translúcidos para Assides · Analisações de ESS mais rápidas e mais precisas Corrigido: · Esta é uma reescrita quase completa para que todos os bugs são novos

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