ilap. Gerenciamento de dados de laboratório, análise e desenvolvimento de protocolos
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Gerenciamento de dados de laboratório, análise e desenvolvimento de protocolo A microscopia quantitativa e de alto rendimento confronta os cientistas com o desafio assustador de armazenar dados heterogêneos de forma estruturada e organizada. Entre as soluções de gerenciamento de dados disponíveis, não há sistema intuitivamente utilizável que cubra o fluxo completo de trabalho de experiências de microscopia. Portanto, desenvolvemos o aplicativo da Web ILAP (gerenciamento de dados laboratoriais, análise e desenvolvimento de protocolo) que combina desenvolvimento de protocolo experimental, aquisição de dados baseado em assistente e análise de dados de alta taxa de transferência em um único sistema integrado. O recurso exclusivo do software ILAP é que suporta a fase de design experimental. Os protocolos de trabalho que os cientistas desenvolvem para experimentos de laboratório úmido podem ser armazenados e modificados dentro do ILAP. Eventualmente, esses protocolos levam à aquisição de dados de imagem. O ILAP fornece um assistente de aquisição de dados para auxiliar o cientista a associar os dados de imagem adquiridos com etapas no protocolo. Iniciativas de padronização, como o Misfishie para a hibridação in situ de fluorescência do DNA, podem ser suportadas pela entrada de parâmetros necessários durante esta aquisição de dados. Mais processamento e análise dos dados de imagem bruta podem ser realizados com módulos de análise desenvolvidos especificamente dentro de ILAP ou com programas de terceiros externos. Observações visuais interessantes podem ser documentadas como notas em qualquer lugar. Nós percebemos o ILAP como um aplicativo de negócios padrão de três níveis utilizando tecnologias de software State-of-the-Art Jee (Java Platform, Enterprise Edition 5). Devido a essa arquitetura de software flexível, fomos capazes de desenvolver uma interface web intuitiva, bem como uma interface de programação baseada em sabão genérico (simples Protocolo de Acesso ao Objeto). Esta interface de programação independente de plataforma permite que aplicativos de processamento de imagem externa como ImageJ para acessar os arquivos armazenados em ILAP. Tarefas computacionalmente intensivas como a desconvolução tridimensional de pilhas de imagem são distribuídas de forma transparente em infraestrutura de computação de alto desempenho, e os resultados são armazenados dentro do sistema de gerenciamento de banco de dados relacional subjacente. Esses resultados estão associados automaticamente com os dados originais do experimento. Para facilitar a facilidade de uso, essa complexidade de gerenciamento de dados e infraestrutura de TI está completamente oculta a partir do usuário.ilap é um projeto de código aberto que está disponível gratuitamente para a comunidade de microscopia. Foi testado extensivamente em nossa instalação de microscopia interna e feedback contínuo do usuário, levou a melhorias na funcionalidade, usabilidade e capacidade de resposta. Uma virtude distintiva de ILAP é que ele inerentemente leva à gravação estruturada de experimentos, conservando o contexto experimental completo dos registros de dados ao longo da história do projeto de pesquisa. Requisitos: · Java 2 Edição Standard Runtime Ambiente O que há de novo nesta versão: · Melhor utilização de usabilidade e correção de bugs · Preview Matrix para todos os arquivos anexados a experimentos, projetos e etapas de análise · BigPreview para arquivos na janela pop-up · Comparação de protocolos · Corrigido bug crítico em genoma usermanagement

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