genômica Extensão Perl para várias ferramentas de análise de sequência de DNA
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Módulo Perl. perl seqüência DNA. Seqüência de DNA. analisador de seqüência

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Extensão Perl para várias ferramentas de análise de seqüência de DNA A Genomics é um módulo Perl para várias ferramentas de análise de seqüência de DNA.Synopsis Use Genomics :: Filterseq; Este módulo condensa um arquivo formatado FASTA para uma lista "exclusiva" de sequências. Isso é feito rcursivamente por lookups hash {key}. Uma chave exclusiva é amostrada de cada sequência e listada em% hash, tornando todos os Seqeucnes com chaves identcais equive. As seqüências são digitalizadas + - a janela de digitalização para outras chaves. As duplicatas são esmagadas com base na prevenção-chave ou na direcionalidade de 5 '-> 3'. = Head2 exportação de exportação: ligue para a sub-rotina enviando a ordem: 1. \% Sequence - uma referência a um hash com% sequence {$ NAME} = $ SEQUENCE ESTRUTURA 2. $ Filter_Start - a posição de fixação na sequência para a chave 3. $ Filter_Length - O comprimento da chave (teclas mais curtas produzem mais 'poded' sets) 4. $ Filter_Window - janela + - para digitalizar para chaves 5. $ filter_type - "m" = deixar seqüências ambigas, "T" = força Ambigoso para a maioria das 3 ', "f" = Force Ambigous para a maioria das 5' posicionamento ($ REFKKEYHASH_R, $ REFKKEXSQ_R, $ EST_PER_SITE_R, $ sites_chosen_r, $ stats_r) = genomics :: filterseq (\% sequence, $ filter_start, $ filter_length, $ Filter_Window, $ Filter_Type); sub-rotina retira o seguinte: 1. $ REFKKYHASH_R - hash_reference para hash contendo referências a matrizes com nomes de sequência por chave. 2. $ REFKYHASHSQ_R, - Similar, apenas retorna seqüência condensada por tecla 3. $ EST_PER_SITE_R, uma referência a um hash Contextando o valor da contagem de chaves (número de chaves representadas) 4. $ sites_chosen_r , uma referência a um hash contendo o valor da contagem de chaves (número de sites representados) 5. $ stats_r Referência a um hash de várias contagens.my $ SEQ_Count = $$ stats_r {"seq_count"}; Meu $ RECLEQUEQ_ID_COUNT = $$ stats_r {"Refsseq_id_count"}; meu $ position_squashed_count = $$ stats_r {"position_squashed_count"}; meu $ key_count = $$ stats_r {"key_count"}; meu $ my_length_ave = $$ stats_r {"comprimento_ave"}; imprimir "fora de $ SEQ_Count seqüências ($ my_length_ave), $ RECLEQ_ID_COUNT IDs foram colocados em $ POSY_SQUASHED_COUNT_COUNT (tecla exata), reduzida a $ Key_Count Sites por iteratação posicional "; foreach (chaves (% $ REFKKYHASH_R)) {Imprimir" $ _ "; meu $ my_name_arr = $$ RefKeyHash_R {$ _}; Imprimir @ $ my_name_arr; Imprimir" "; Imprimir $ {$$ RefKeyhask_R {$ _}}; Imprimir" ";} Requisitos: · Perl.

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