biopy-isatab. Pitão Parser para Isatab
Baixe Agora

biopy-isatab. Classificação e resumo

biopy-isatab. Tag

Biblioteca Python. Pitão analisador

biopy-isatab. Descrição

O Biopy-ISATAB é um analisador Python para extrair informações de metadados formatados do ISA-TAB. O uso é: de BcBio Import ISATAB REC = ISATAB.PARSE (ISATAB_METADATA_DIRETORY) O registro retornado corresponde à estrutura geral de investigação / estudo / ensaio do ISATAB. O objeto de alto nível ISATABRECORD contém informações sobre a investigação, juntamente com informações de estudo como objetos isatabstudyrecord. Cada registro tem informações de ensaio em sub-objetos ISATABassayRecord. A saída é descrita em mais detalhes no módulo de parser: https: //github.com/isa-tools/biopy-isatab/blob/biopy-bcbio/isatab/parser.pyand O diretório de teste contém Exemplo de uso e extração de informações: https: //github.com/isa-tools/biopy-isatab/blob/master/test/test_isatab.pyyou também pode exibir a estrutura de um objeto Imprimindo: >> > Imprimir ISATAB_REC * ISATAB Record Metadata: {} Estudos: * Metadados de estudo: {'descrição do estudo': 'Células musculares esqueléticas do mouse C2C12', 'identificador de estudo': 'SB-S-1', 'Data de envio de estudo': ' 2010-10-04 '} nós: * Nó C2C12 Sample3 Rep3 Metadados de nome de amostra: {' nome da amostra ': ,' organismo ': } página inicial do produto

biopy-isatab. Software Relacionado