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GO :: Exibir é um módulo Perl que cria uma imagem GIF ou PNG para visualizar o Go Dag. GO :: Exibir é um módulo Perl que cria uma imagem GIF ou PNG para visualizar o módulo Go Dag.Se Perl gera um gráfico que exibe os relacionamentos pai e filho de um termo de curso selecionado. Ele também fornece a visualização para o módulo GO :: Termfinder Perl criado pelo banco de dados do Stanford MicroArray (SMD). Este módulo é útil ao analisar os resultados experimentais ou computacionais que produzem um conjunto de produtos genéticos que podem ter uma função comum ou processo de processo. Meu $ Goview = Go :: Ver-> New (-Goid => $ Goid, -OntologyProvider => $ Ontology, -NannotationProvider => $ anotação, -termfinder => @pvalues, -spect => 'p', -configfile => $ Conffile, -Imagedir => "/ tmp", -imageurlroot => "http://www.abc.com/tmp", -imagename => "goview.88.png", -Tree => 'up ', -Nodeurl => $ gourl, -geneurl => $ Geneurl, -Pvaluecutff =>' 0.01 ', -imagelabel => "sgd"); Argumento necessário esperar dados e tipo -------------------------------------------- ----------------------------- -Goid nenhum ID de ontologia genético (Goid). Se nada for passado, o módulo usará o top goid de cada ramo de ontologia (isto é, Goid for Molecular_Function, Biological_Process ou Cellular_Component) -ONTOLOGYPROVIDE SIM UMA INSTUNÇÃO DE FORNECEDOR DE ONTOLOGIA. -notationProvider Nenhuma instância do Provedor de Anotação. É necessário para criar uma árvore para o resultado do Finder do Termo. -TarMfinder Nenhuma matriz de referências de hash retornada do método "FindTerms" de Go :: Termfinder Module. É necessário para criar uma árvore para o resultado do Finder do Termo. -Apject não. O aspecto do provedor de ontologia. É necessário para criar uma árvore para o resultado do Finder do Termo. -Configfile Sim O arquivo de configuração para definir as variáveis gerais para a exibição gráfica. -Imagedir Sim, o diretório para armazenar o arquivo de imagem recém-criado. Deve ser o mundo (ninguém) legível e gravável se você quiser exibir a imagem para a web. -Imageurlroot Não a raiz de URL para o -imagedir. É necessário se você quiser exibir a imagem para a web. -Imagename Nenhum nome do arquivo de imagem. Por padrão, o nome será algo como 'goview.xxxx.png'. O 'XXXX' será o ID do processo. Um sufixo para a imagem (.png ou .gif) não deve ser fornecido, pois isso será determinado em tempo de execução, dependendo dos recursos da Biblioteca GD. -TreetYpe no. O tipo de árvore. 1. up => Exibe a árvore ancestral para o goid dado. 2. Down => Exibe a árvore descendente para o goid dado. Por padrão, ele exibirá a árvore descendente. -geneurl No URL para cada gene para vincular. Ele precisa ter o texto no URL que será substituído pelo verdadeiro Goid para um nó. -Nodeurl No O URL para cada nó Go para vincular. Ele precisa ter o texto no URL que será substituído pelo verdadeiro Goid para um nó. -Pvaluecutff No P-Value CutOff para exibir o gráfico para o finalizador de go. O padrão é 0.01 -imagelabel No Etiqueta de imagem que aparecerá no canto inferior esquerdo do mapa. -------------------------------------------------- ---------------------- para exibir a imagem na web: $ goview-> showgrafo; Para criar e retornar o nome do arquivo de imagem com caminho completo: meu $ ImageFile = $ Govê-> CreateImage; Requisitos: · Perl.

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