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Módulo Perl. perl módulo Identifique os nós genes de valor p

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Ir :: Termfinder é um módulo Perl que pode identificar os nós que anotam um grupo de genes com um valor de p significativo. Vá :: Termfinder é um módulo Perl que pode identificar os nós de rotas que anotam um grupo de genes com um valor P significativo.Este pacote destina-se a fornecer um método em que os valores de P de um conjunto de anotações podem ser determinados para conjunto de genes, com base no número de genes que existem no genoma particular (ou em uma distribuição de antecedentes selecionada do genoma), e sua anotação, e a frequência com a qual os nós de movimento são anotados através do conjunto fornecido de genes. O valor p é calculado simplesmente usando a distribuição hipergeométrica como a probabilidade de x ou mais dos genes N com uma determinada anotação, dado que G de N tem essa anotação no genoma em geral. Nós escolhemos a distribuição hipergeométrica (amostragem sem substituição), uma vez que é mais precisa, embora mais lento calcular, do que a distribuição binomial (amostragem com substituição). Na adição, um valor P corrigido pode ser calculado, para corrigir vários testes de hipóteses. O fator de correção utilizado é o número total de nós para os quais a lista fornecida de genes é anotada, exceto quaisquer nós que têm apenas uma única anotação no fundo, como a priori, sabemos que estes não podem ser significativamente enriquecidos. O cliente tem acesso aos valores corrigidos e não corrigidos. Também é possível corrigir o valor P usando 1000 simulações, que controlam a taxa de erro sábio familiar - usando essa opção sugere que a correção de Bonferroni é de fato um pouco liberal, em vez de conservadora, como pode ser esperado. Finalmente, a falsa taxa de descoberta também pode ser calculada. A ideia geral é que uma lista de genes pode ter sido identificada por algum motivo, e. Eles são corregulatórios, e o termfinder pode ser usado para descobrir se algum dos nós anotando o conjunto de genes a um nível que é extremamente improvável se os genes tivessem sido simplesmente escolhidos aleatoriamente. Requisitos: · Perl.

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