Vá :: AppHandle. Go :: AppHandle é um manipulador de API de dados de ontologia genética.
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Vá :: AppHandle. Classificação e resumo

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Módulo Perl. API. ontologia gene Ontologia do gene Manipulador de API

Vá :: AppHandle. Descrição

Vá :: AppHandle é um manipulador de API de dados de ontologia genética. Vá :: AppHandle é um gênico de dado de ontologia API Handler.synopsis Use GO :: AppHandle; Meu $ DBName = "Go"; # Conectar a um banco de dados em um host específico $ APPH = GO :: AppHone-> Connect (-DBName => $ dbname, -dbhost => $ mysqlhost); # Exemplo 1 # buscando um termo ir do datasource $ term = $ APPH-> get_term ({acc => "go: 0003677"}); printf "go termo; nome =% s go id =% sn", $ Term-> Nome (), $ Term-> Public_Acc (); # Exemplo 2 # buscando uma lista de associações ao ER # (e todos os termos go que são subtipos do er, ou # localizados dentro do ER) # para o qual há razoavelmente bom evidência # (Autor rastreável / ensaio direto) $ associa = $ APPH-> get_associations ({nome => "retículo endoplasmático"}, {evcodes => }); Foreach My $ Assoc (@ $LSS) {Printf "Gene:% s Evidência para associação:% s% s", $ assoc-> gene_product-> símbolo, $ Assoc-> Evidência-> Código (), $ assoc-> Evidência-> xRef-> xref_key (); } # Exemplo 3 # buscando um subgraph de ir gráfico $ = $ APPH-> get_graph (-acc => 3677, -depth => 3); foreach meu $ termo (@ {$ graph-> get_all_nodes}) {printf "go termo; nome =% s go id =% s sn", $ Term Term-> Nome (), $ Term-> Public_Acc (); } # Exemplo 4 # buscando um subgraph de ir, # e usar um iTerador de gráfico para # Exibir o gráfico $ Gráfico = $ APPH-> get_graph_by_search ("DNA helicase *"); $ it = $ graph-> Create_iterator; enquanto (meu $ ni = $ it-> next_node_instance) {$ profundidade = $ ni-> profundidade; $ termo = $ ni-> termo; printf "% s termo =% s (% s) // n_assocs =% s // profundidade =% dn", "---" x $ profundidade, $ Term-> Nome, $ Term-> Public_Acc, $ Term -> n_associations || 0, $ profundidade; } # Exemplo 5 # buscando um subgraph de ir, # restritivo por produtos GENE # Obtenha todos os termos que foram usados para anotar esses dois genes SGD $ Termos = $ APPH-> get_terms ({produtos => }); # construir um gráfico todo o caminho para os nós de folha # a partir dos termos acima $ graph = $ APPH-> get_graph_by_terms ($ termos, -1); # Crie um iterador no gráfico $ it = $ graph-> Create_iterator; # iterar através de cada nó no gráfico enquanto (meu $ ni = $ it-> next_node_instance) {$ profundidade = $ ni-> profundidade; $ termo = $ ni-> termo; printf "% s termo =% s (% s) // associnos =% sn", "-" x $ profundidade, $ term Term-> nome, $ Term-> Public_Acc, junte (";", mapa { $ _-> gene_product-> acc} @ {$ term-> associação_list}); } Requisitos: · Perl.

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