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Ugene Descrição
Ferramentas de Bioinformatics integradas A UGENE é uma suíte de análise genoma de plataforma gratuita. Funciona perfeitamente no Linux, Windows ou Mac OS e requer apenas alguns cliques para instalar. Aqui estão algumas características-chave de "ugene": Principais características: · Alinhamento de sequência múltipla usando o músculo 3 e o músculo 4; · Perfis de HMM construir e pesquisar, com base na fonte de Hmmer 2 e Hmmer 3; · Projeto de primers de PCR usando o primer 3; · Previsão de estrutura secundária de proteína usando Gor IV e Psipred; · Pesquisar por enzimas de restrição e integração com rebase; · Repetição extremamente rápida; · Pesquisar sites de ligação ao fator de transcrição usando Sitecon; · Orf Finder; · Complete a implementação do algoritmo de Smith-Waterman. Interface de usuário: · Navegação visual e interativa do genoma; · Visualização de cromatogramas; · Visualizador 3D para arquivos em formatos PDB e MMDB; · Múltipla editor de alinhamento de seqüência; · Fácil de usar o Workflow Designer para fluxos de trabalho computacionais personalizados. · Computação de alto desempenho em Ugene · Suporte completo de processadores multicore modernos e instruções do SSE; · Fora do apoio da caixa de gpus modernos usando o fluxo de Nvidia Cuda e ATI; · Soluções integradas para o motor de banda larga celular; · Soluções privadas para supercomputadores e computação distribuída. Cooperação: · Pode ser usado para educação em escolas e universidades; · As características a serem incluídas na próxima versão são iniciadas pelos usuários; · A equipe da UGENE está pronta para colaboração em projetos relacionados, livre ou comercial. Requisitos: · Qt. O que há de novo nesta versão: Novos plugins: · Músculo 4 - um porto da mais recente instrumento para vários alinhamentos de sequência por Robert C. Edgar; · Suporte ao CUDA - um plugin utilitário que possibilita o uso de unidades de processamento gráficas da NVIDIA para acelerar algoritmos computacionais. Novos recursos e correções de bugs: · Algoritmo de Smith-Waterman acelerado por CUDA está pronto para uso para usuários do Windows; · A das características mais esperadas: a edição de seqüência foi adicionada; · Exportar tabelas de anotação para CSV foi fornecida; · O suporte de modelos HMM2 foi adicionado ao HMM3; · E muitos outros. Veja o Changelog para uma lista completa de melhorias.
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