 | Taverna.um componentes distribuídos de fluxo de trabalho de computação em Java |
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Taverna. Classificação e resumo
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Taverna. Descrição
A distribuídas componentes de fluxo de trabalho de computação em Java Taverna é uma coleção de componentes promulgação e descrição do fluxo de trabalho, incluindo uma linguagem de alto nível para fluxos de trabalho chamado Scufl (Simple conceitual Unified Fluxo Language), um modelo puro objeto Java, analisador para preencher o modelo, e um conjunto de pontos de vista e os controladores (incluindo alguns balançar componentes a cair em seus aplicativos habilitados para fluxo de trabalho). A fim de fluxos de trabalho, na verdade, correm você também precisa do myGrid fluxo de trabalho modelos de dados promulgação engine.Taverna principais incluem as representações de objetos do fluxo de trabalho em si, todas as entidades dentro do fluxo de trabalho (processadores, portos, ligações de dados, etc) e o modelo para os valores de dados fluindo juntamente links de dados durante um fluxo de trabalho extensões tarefa enactment.Taverna sentar-se dentro de um motor de promulgação - neste caso FreeFluo - e fornecer implementações concretas das tarefas abstratas especificadas por objetos processador dentro do modelo de objeto de fluxo de trabalho. São estas tarefas que contêm a lógica necessária para serviços web de contato, executar classes Java locais e realizar as outras ações associadas aos seus entities.Instances processador das extensões de tarefas são criados quando um fluxo de trabalho e objetos de entrada associados são submetidos através do fluxo de trabalho Submission interface . Esta interface pode ser uma chamada de método em java processo ou pode ser invocado através de algum transporte, tais como sabão no caso de um motor promulgação baseado serviço remoto. FreeFluo é capaz de actuar em ambos os modos, a bancada TAVERNA incorpora uma instância do enactor FreeFluo para fornecer serviços básicos promulgação para utilizadores sem um fluxo de trabalho de utilizador gráfica motor server.The centro de classes de interface sentar sobre uma máquina do cliente e permitir a interacção com os dados principais classes de modelo, bem como com o funcionamento instância de workflow objetos dentro de um motor de promulgação. Isto permite a construção de fluxo de trabalho, edição e visualização, bem como gestão enactor e dados de navegação através dos resultados e valores intermediários dentro de uma interface de fluxo de trabalho de armazenamento instance.The é um quadro plugable que permite que os dados externos e lojas de metadados para observar eventos dentro do serviço de fluxo de trabalho e recolha de informação sobre esses eventos. Isto poderia incluir um plugin coleta de proveniência, que assiste a promulgação fluxo de trabalho e registros de metadados sobre ele em forma RDF, ou um plug-in de armazenamento que córregos resultados de volta para um banco de dados relação, possivelmente um (LSID) autoridade Identificador de Ciências da Vida, como a runs.The promulgação interface de autoridade LSID é uma leitura único ponto de acesso aos dados armazenados dentro de um armazenamento de dados, e pode potencialmente ser usado pelos componentes de interface gráfica do usuário Taverna para buscar resultados de fluxos de trabalho anteriores e fazer uso deles como entradas para os sucessivos. Requisitos: · Java 2 Edição Standard Runtime Ambiente O que há de novo nesta versão: Erro: · - resulta Buscando imprevisível · - SVG renderizador não funciona · - guia padrão "metadados" para as portas de entrada / saída confundindo · - fluxos de trabalho falhando vai para esvaziar resultados · - Coluna 'coisa' muito curta no esquema do banco LogBook · - T2 erro Promulgação com pauls do fluxo de trabalho · - Diálogo de entrada T2 não abre após um erro · - Fluxo de trabalho portas limpador caindo e script de conteúdo para Rshell · - Evite Corvo / dependência maven para o serviço de execução remota · - serviço de execução remota utilizando o perfil Taverna desatualizado · - TestJavaProcess falhou durante Maven construção · - T2 Valdation falhar por processadores contendo portas incorporadas. · - T2 FileDataManager e FileBlobStore usa File.mkdirs que não é thread-safe · - goViz não está lá · - documentação está desatualizado · - JTidyWorkerTest falhar devido a suposições conjunto de caracteres Melhoria: · - A versão de execução do fluxo de trabalho deve ser o mesmo que a versão de edição. · - local de fluxo de trabalho Nested · - saídas desconectadas falha de fluxo de trabalho · - melhorias de arquivo plist do Mac OS X · - Adicionar exceção Anfitrião desconhecido no PluginManager Novo recurso: · - navegador incorporado dentro taverna · - serialise feijão para transmitir em vez de arquivo · - T2 Renderers refinamento: · - editor de fluxo de trabalho aprimorado adicionando melhoradas capacidades de arrastar e soltar Tarefa: · - Permitir várias implementações da interface do monitor
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