Sistema de benchmark bioinformatics. Sistema BioInformatics Benchmark é um sistema BioInformatics Benchmark para medição de desempenho da plataforma.
Baixe Agora

Sistema de benchmark bioinformatics. Classificação e resumo

Sistema de benchmark bioinformatics. Tag

sistema Benchmark bioinformática. Sistema de referência bioinformática referência medição de desempenho

Sistema de benchmark bioinformatics. Descrição

O sistema BioInformatics Benchmark é um sistema BioInformatics Benchmark para medição de desempenho da plataforma. O sistema BioInformatics Benchmark é uma tentativa de criar uma estrutura de testes razoáveis, testes e dados, para permitir que usuários finais e fornecedores sejam investigados do desempenho de seus sistemas. O que estamos tentando fazer é criar uma estrutura para testes e um núcleo Conjunto de testes que todos podem baixar e usar para sondar elementos específicos do desempenho dos sistemas.Moreover, a origem para esses testes estão disponíveis na GPL e estão hospedados no Bioinformatics.org e informática escalável LLC A ideia é permitir que usuários finais, consumidores, Desenvolvedores de sistemas, e outros para facilmente construir e usar testes significativos para motivos de medição e ajuste. Jovendo Landman a partir de informática escalável LLC concebeu a ideia e escreveu os códigos originais. Estamos à procura de sugestões de código de referência adicionais, testes, conjuntos de dados, etc. Os testes de linha de base são várias execuções de explosão NCBI, várias corridas de Hmmer e uma variedade de outros. Planejamos incluir Clustalw, X! Tandem, várias químicas, dinâmicas e testes relacionados, bem como vários outros. Os testes como LINPACK ou HPL simplesmente não fornecem indicadores de desempenho significativos ou modelos preditivos para informática de alto desempenho. Infelizmente, nem fazer um número de testes mais recentes e focados. Este é um problema como LINPACK e HPL especificamente testar o desempenho em várias operações de matriz, onde você efetivamente padrões de acesso a memória regular e operações matemáticas específicas. Esses códigos são mais úteis para Comparação com códigos com operações pesadas de ponto flutuante e tráfego de memória intercalado. Esses códigos não foram projetados para benchmarking de sistemas abrangentes, onde o disco E / S, latência de memória e outros fatores contribuem para os problemas de desempenho. Os melhores testes são os que são mais semelhantes aos códigos que você executará na máquina. Os próprios testes devem ser aproximações razoáveis para uma execução real do seu código, usando dados reais. Você pode precisar parecer de volta para obter os tempos de execução realistas. Você deve ter um subconjunto razoável de tamanhos de dados. Um único teste não informa como sua escala do sistema, e uma das razões para a existência desse teste é especificamente para permitir que você teste o desempenho enquanto aumenta vários aspectos da carga de trabalho. Você raramente recebe um sistema quiescente em um cluster , então recomendamos que você tente correr como um ambiente operacional mais realista possível. Uma linha de base em um sistema quiescente é bom, mas pode definir suas expectativas irracionalmente.

Sistema de benchmark bioinformatics. Software Relacionado